(一)审计抽查了11个省(自治区、直辖市)的214户申请缓缴税款、延期申报缴税以及缴税情况异常的企业，发现国税部门违规将71户企业的130.92亿元税款延期征收，占企业当期应缴税款的54%，其中:7个省级国税局批准49户不符合条件的企业缓缴税款27.93亿元；9个市、县级国税局批准13户企业以各种虚假理由延期申报缴税47.75亿元；个别省级国税局甚至在企业正常申报并有能力缴税的情况下，将企业已申报的应缴税款44.39亿元延期至下年征收。
此外，还有13个省的62个县级国税局为完成税收任务，违规向169户企业提前征税和多征税款共23.4亿元。
(二)审计抽查了11个省(自治区、直辖市)的116户享受高新技术税收优惠的企业，其中85户不符合的企业，享受税收优惠36.31亿元。
(三)2007年，12个省(自治区、直辖市)的国税部门共对58.75万户企业实行所得税核定征收，占全部企业所得税征管户数的39%，审计抽查12个省(自治区、直辖市)的176户实行核定征收的企业，有104户(占59%)具备查账征收条件，按规定不应实行核定征收。这些企业2007年按核定征收方式仅缴纳所得税1.14亿元，若实行查账征收，按账面利润测算则应缴纳税款4.74亿元。还有一些国税局未按规定分类逐户核定企业的应税所得率，而是普遍执行较低的应税所得率。
(四)消费税税制设计不尽合理，税收流失比较严重。现行税制规定，烟、酒、化妆品等产品的消费税均在生产环节主要从价计征。调查发现，酒和化妆品类生产企业通过关联交易等手段明显压低产品出厂价从而少缴小消税的情况比较突出，主管税务机关也普遍未对企业做纳税调整；卷烟生产企业消费税计税价格虽然由国家税务总局核定，但有些产品的计税价格远低于销售企业的批发价格，消费税流失现象仍然存在。抽查的52户应税企业中有44户存在此类问题，据测算，2007-2008年这些企业共少缴消费税116.15亿元，是其同期实缴消费税的27%。
(五)一些税收优惠政策与产业政策要求不够协调。一些现行税收优惠政策主要以企业性质、企业所在地域为条件，没有充分体现国家控制高污染、高耗能(以下简称“两高”)行业过快发展的要求。审计抽查287户“两高”企业，发现有156户属应关停、淘汰、限制或环保不达标企业，占54%，2007年共享受税收优惠19.01亿元，占其同期入库税收的51%。
