(一)投资者在融资融券业务中面临的风险
(1)融资融券业务可能给投资者增加交易成本
融资融券交易满足了大家喜欢长期满仓以及做多的操作习惯，同时更助长了频繁短线操作的积习。由于受时间制约，融资融券交易只能多为短线、中线操作，因而操作频率大，导致证券流动性提高并进一步活跃市场。但流动性提高随之带来交易成本的提高，是要由交易者承担的，因此，对投资者的投资收益会产生负面的影响。而且，融资的投资者在交易完成后还要交一部分融资利率，也增加了投资者的交易成本。
(2)融资融券业务放大了收益也放大了风险
融资业务提高了资金的使用效率，融券业务则提高了股票的使用效率，两者都有放大风险的可能。投资者在将股票作为担保品进行融资时，既需要承担原有的股票变化带来的风险，又要承担新投资股票带来的风险，还得支付相应的利息。
另外，融资融券交易的复杂程度较高，如果投资者判断正确，可获得较大的利润；如判断失误或操作不当，则投资者的亏损可能比在现金交易方式下更为严重。对融资者而言，如果股价深跌，投资者所投入的资金便可能会全部化为乌有。
(3)融资融券业务可能导致内幕交易加剧
从理论上讲，庄家只要有足够的资金，就一定能成功作多，但是当股价偏离其价值过大时，普通投资者往往很少购买，导致庄家不能成功出货。融资融券业务实施后，当出现合理的沽空时，普通投资者可能会从券商借得证券卖出，等股价回落时再买入还给券商，并支付一定的费用。
这时，如果庄家与券商合作，且拥有足够的资金，就可把股价继续推高。由于《证券公司融资融券业务试点管理办法》规定了投资者占用资金或证券的最长时间，且不得延期，所以当到达临界点后，越涨买单越多，因为空头要停损，这样，庄家就很容易成功出货了。
(二)券商在融资融券业务中面临的风险
(1)融资融券业务加剧了券商间的竞争
券商融资融券业务实行许可正制度，受净资本的约束及对券商综合实力的考核，不是所有的券商都能够获得直接融资融券的权利。率先开展融资融券业务的券商可以吸引更多的客户，这必将引起券商间新一轮的竞争。
融资融券的开闸将加速券商的分化，获得试点资格的创新类券商，其经纪业务将具备很大优势，同时这也促使不符合相关标准的券商加速自身改善，以尽快达到融资融券业务的标准。
(2)融资融券业务加大了券商的风险
券商开展融资业务的资金为自有和借贷资金，且给客户的融资资金一般要被长期占用，这无疑会影响到券商的流动性、资产负债率等一系列相关的风险控制监管指标。另外，由于现有券商的资金渠道较为有限，当业务需求迅速扩大时，券商或分支机构可能会出现非法融资行为。此外，券商提供资金给投资者，投资者选择的股票很有可能经营出现重大问题或重大亏损。因此，融资融券业务开展后，券商面临的风险将会进一步加大。
(3)融资融券业务可能使券商边缘化
融资融券的核心问题在于银证之间客户资源的争夺。融资融券的关键在于第三方存管。表面上看，银证双方争论的焦点是第三方存管的存管费用和利差，但更深层次的原因在于第三方存管的模式。按照目前的方案，券商的客户交易结算资金完全固化地存放在各存管银行里，券商基本丧失对客户交易结算资金的平等权与话语权。而且，商业银行要求参与证券质押贷款业务和平仓权，这实际上就是直接融券制度，由商业银行直接对证券投资人的账户进行融资融券。可以想象，券商的客户资源都在银行手中，如果客户需要融资，银行完全能够抛开券商为客户提供资金。在这种情况下，融资融券业务中券商被完全边缘化了。
(三)商业银行在融资融券业务中面临的风险
(1)商业银行无法控制借款人资信而产生风险
从某种程度上说，商业银行愿意将多余的存款贷给券商以获取更多的回报。但是在现行的法律框架下，商业银行无法控制借款人资信而产生的风险。目前，银监会、证监会还没有推出统一的证券市场融资融券业务操作系统，而且控制风险关键的“平仓权”问题还没有得到有效的解决。
(2)股票质押贷款管理办法无法对商业银行实施有效的保障
股票质押贷款是指券商以自营的股票、证券投资基金券和上市公司可转换债券作质押，从商业银行获得资金的一种贷款方式。2005年底，中国人民银行等发布了《关于印发(证券公司股票质押贷款管理办法〉的通知》 (以下简称《通知》)敞开了券商通过股票质押贷款进行融资融券业务的大门。
《通知》的出台使商业银行具有了股票质押贷款业务，不仅可以弥补金融市场的资金短缺，还增添了商业银行赢利的手段。但是一些制度还不完善，可能造成商业银行的风险。例如， 《通知》规定，股票质押率最高不能超过60%,质押率= (贷款本金/质押股票市值) × 100% ,质押股票市值=质押股票数量×前七个交易日股票平均收盘价。这样，借款人可能在短时间内将股价拉抬上去，并维持在一个高位。七日后向相关部门质押贷款，只要股价波动在200%的范围内就是符合规定的，那么他将获得近两倍的贷款。用获得的贷款再去炒另一只重仓股，然后再抵押，再贷款，这无疑使商业银行的风险成倍扩大。
