(一)协议收购的定价问题
从2000年协议转让控股权的76家上市公司收购价格来看，68家上市公司披露了股权转让价格，平均每股转让价格为2.35元，而这些上市公司的平均每股净资产为1.88元，平均溢价率为25%。在这68家上市公司的股权协议转让中，每股转让价格最高的为佛山兴华，现名为“公用科技”的国家股，佛山兴华原来的大股东佛山兴华集团以每股I0.83元的价格向中山公用事业集团转让了2955万国家股，占总股本的38.93%，而佛山兴华1999年每股账面净资产只有3.65元，转让价格在账面净资产的基础上溢价了297%；而转让价格最低的为ST包装国家股的转让，ST包装原来的第一大股
东四川省国资经营公司以每股0.44元的价格向泰港实业转让了1645万股国家股，占总股本的27.11%，而ST包装的每股账面净资产仅为0.06元。从统计分析中可以发现，中国上市公司股权协议转让的定价仍然以每股账面净资产值为依据，实际转让定价一般都在每股净资产值之上，并根据公司的实际经营情况有所溢价。此外，现金是中国受让上市公司股权的主要出资方式，支付股权的对价基本上都是现金。
(二)竞拍定价问题
与协议收购相比，通过拍卖的方式确定股权的价格是一种更趋于市场化的定价方式。在拍卖时，各个竞买者根据自己对上市公司股权价值的判断进行报价，而成交价无疑是各个竞买者依据自己的理性判断竞价的结果，因而是目前为止最市场化的上市公司股权定价方式。经过研究发现，股权竞拍成交价-般都远远低于账面每股净资产。例如，名流投资公司以每股0.67元的价格竞得幸福实业600万股权，成为幸福实业的第一大股东，虽然幸福实业的每股账面净资产为1.46元，但幸福实业的资产质量存在问题。应该说，这个价格是当时幸福实业法人股的公允价格。
(三)绩差公司最易成为并购对象
在2000年76家股权协议转让的上市公司中，年度每股收益高于0.3元的仅有9家，亏损的公司有20家。在这76家公司中微利经营的公司有16家每股收益低于0.1元，亏损和微利公司占协议转让公司的47%。可见，绩差公司最易成为并购的对象。
(四)股权受让比例明显下降
由于证监会从1999年开始对受让股权后持股超过30%的股东的豁免问题实施严格的审批，在76家协议转让股权的上市公司中新的第一大股东的持股比例不超过30%的有66家，占86.8%，其中有16家股权转让比例集中在29%~30%之间，像深圳市富士豪实业有限公司通过协议受让成为汇通水利的第一大股东，持有公司总股本的29.99%。另外，仅有5家协议转让案获得中国证监会豁免。
(五)二股东“被动入主”时有发生
2000年中国上市公司并购中还有这样一种现象，即上市公司第一大股东向第三者转让股权后，原来的第二大股东“被动地”成为第一大股东，例如，信联股份原来的第一大股东浙江信联社持股5467.5万股，占30.81%，其将4.7%的股份转让给北京华信电子公司以后，持股比例降为26.11%，而原来的二股东上海声广投资持有29%的股份，被动成为第一大股东。同样的例子还有西藏圣地、ST黔凯涤等上市公司。
