商品期货交易委员会(CFTC)和全美期货协会(NFA)监管着依赖于实物商品、期货和期权的全部投资集合。全美期货协会(贯彻商品期货交易委员会规定的自律实体)管理着被称为商品组合(cormmoditypool)的业务单位，这种商品组合在很多方面与对冲基金相像。与对冲基金经理人相类似，商品组合操作者(commodity pool operators,CPO)管理着投资集合。
此外，商品交易顾问管理的个人账户和对冲基金管理的个人账户有相似的投资方式和费用结构。经理人可以同时作为商品组合操作者(对混合投资而言)和商品交易顾问(对个人账户而言)。
一般情况下，最大的商品组合操作者决定了对商品组合的预期。商品组合操作者和商品交易顾问组织有成千上万。虽然他们互相区分明显，但他们都利用期货进行杠杆交易，收取管理和激励费用，并且多数交易建立在历史价格基础之上。
保证金要求和头寸的风险等级通常限制了期货账户的杠杆交易程度。它的保证金要求一般要比一些杠杆交易的现货交易市场要高，而在这些交易中完全免保证金的交易是可能的(例如政府债券和场外衍生工具),因此，对于对冲基金，实际运用的杠杆交易程度要比在理论上可以使用的低得多。实际上，商品账户，如全球宏观基金(它包含着大量类似的多头和空头头寸),通常还有多余的现金。
许多对冲基金经理人以商品组合操作者的身份注册，而许多基金也是以商品组合注册的。全美期货协会要求即使期货在投资基金中不是主要投资品也要这样注册。于是对冲基金经理人可以被称为商品组合操作者。然而实际上，为了与真正的商品组合操作者区别，通常不这样称呼他们，因为期货经理人通常只从事交易所挂牌的期权和期货交易。
在经纪人(也称作期货佣金经纪商或FCM)的账户上，商品组合操作者通常只进行期权和期货投资，他们的账户要比对冲基金的简单得多。这些期货的报表记录了头寸的成本，并且逐日结算。一个商品组合账户的典型运用就是从期货报表中提取所有的财务结果。当然，商品组合操作者必须证明报表的准确性并与实际一致，但不需要分别提供关于这些交易的账户。
与之相对照的是，对冲基金常常通过短期借款融资持有现金头寸，这就使得大量的游资进入可寻迹的账户。另外，对冲基金可能会持有场外交易衍生证券，它必须进行内部的逐日结算。因此，多数对冲基金会自己保存会计记录或外包给会计服务机构。
商品组合的税收报告也是非常简单，因为期货和期货期权被赋予了特殊的税收地位。所有的资产收益或损失只按长期资产的60%和短期资产的40%征收资本利得税。换句话说，在一年的持有期内实现的所有收益60%的将按低税率征税。同样，40%的短期的收益将以普通税率征税而不论实际的持有期。这样，商品组合操作者可以只报告商品账户价值的年净变化。
简单化只适用于收益和损失，而不是收入和支出，而这些收入和支出也将最终分摊给商品基金的投资者。然而，商品组合运作者不需要记录持有期和个人买卖的成本。这些不同使得对冲基金的账户要比商品组合账户复杂。
商品投资的费用结构与对冲基金相类似。就现在而言，商品组合的主要费用是资产的2%的管理费用和利润的20%的激励费用，而对冲基金一般收取资产的1%的管理费和20%的激励费用。通过和隶属的期货经纪商进行期货交易，收取比付给期货经纪商高的佣金，或者用佣金作为给销售基金的第三方的销售奖励费，商品组合(和对冲基金)都可以从中获利。此外，对冲基金还可以从现货市场交易和多空头杠杆交易的融资中收费。
商品组合和对冲基金都存在透明度要求。一个透明的基金应该向投资者披露它的头寸。商品组合则不需要向投资者披露头寸。对某个透明度要求较高的投资者，对冲基金和商品组合操作者可以为这些投资者单独管理其账户。
但是，期货账户的独立账户比对冲基金的独立账户更易管理，因为对冲基金运作的独立账户必须和所有与他们交易的经纪商建立良好的信用关系。如果对冲基金中存在这些账户，为了这些独立账户的利益，他们可能会直接进行衍生工具交易。因此，对于对冲基金经理来说，这些账户必须相当大。相比之下，一个独立的期货账户只需有足够的钱去建立一个适当的头寸，这个头寸只具有很小的跟踪误差(tracking error)。
