由于指数套利通常要求同时交易许多种不同的股票，即对多种股票进行“打包”交易，因此往往需要借助计算机程序来自动完成交易指令，这种由计算机进行的指数套利就称为“程序交易”，亦称为“程式交易”。
对于程序交易的概念，历来有不同的说法。纽约股票交易所从实际操作的角度出发，认为超过15种股票的交易指令就可称为程序交易；而一般公认的说法则是，作为一种交易技巧，程序交易是高度分散化的一篮子股票的买卖，其买卖信号的产生、买卖数量的决定以及交易的完成都是在计算机技术的支撑下完成的，它常与衍生品市场上的套利交易活动、组合投资保险以及改变投资组合中股票投资的比例等相联系。以下是一个程序交易的例子。
案例分析：
例如：主要市场指数(the Major Market Index, MMI)是由NYSE交易的20只蓝筹股(其中15只是DJIA的成份股)的价格平均而得，以1983 年为基期，基期指数为200, CBOT交易的MMI指数期货合约的规模等于250美元与MMI指数的乘积。根据美国有关交易法规的规定，购买股票所
用资金中借贷资金所占的比例不得超过50%,因此，本例中假设购买股票所需资金中自有资金与借入资金的比重各占一半。此外，出于简化，分析的过程中我们不考虑期货交易的每日结算制对现金流的影响以及所获红利的再投资问题，所用到的利率均为单利年利率8.5%,设投资者决定购买MM每只成份股2000股，总交易费用为1100美元。
从以上的程序交易示例中，我们不难看出其中隐含着相当大的风险。
首先，也是最主要的，就是操作风险。因为要通过程序交易进行指数套利，投资者必须能够成功地建立和结束所需要的期货和现货市场头寸。
然而，设想一下， 2月26日这天，当投资者发现套利机会，卖出期货合约，并要在市场上购买MMI指数成份股每只2000股的时候，如果其中有4只成份股的价格突然上涨，每只上涨1.00美元，即便其他的条件不变，该投资者在股票市场上的赢利也将减少8000美元，原有的套利利润就转为了套利损失。
同样， 3月21日这天，当投资者到期想结束头寸时，由于到期日期货的价格必须收敛于现货价格，因此，其在期货市场上的盈亏状况主要取决于当日的指数价值。
而投资者所持有的所有成份股又必须于当天全部抛出，因此投资者通常都希望能够按当日的收盘价出售，即按照计入股指的价格出售。但很显然，要在当日交易结束前的短短30秒内，全都按当日的最后成交价完成所有的股票出售是极为困难的，这就蕴涵了极大的操作风险。
此外，在进行指数套利的过程中，投资者原先预计的红利发放也很可能没有发生。在本例中，如果没有了红利收入，该投资者就将减少6 820美元的现金流入，套利利润也随着大大减小。
同时，由于借入资金的存在，就有了融资的利率风险。例如，如果投资者在该套利期间内的借贷利率是浮动的，那么如果遭遇利率上升，该投资者的利息负担也就加重，原有的套利利润也很可能变为套利损失。
