平均市盈率指标用来衡量股市平均价格是否合理具有一些内在的不足：
（1）计算方法本身的缺陷。成份股指数样本股的选择具有随意性。各国各市场计算的平均市盈率与其选取的样本股有关，样本调整一下，平均市盈率也跟着变动。即使是综合指数，也存在亏损股与微利股对市盈率的影响不连续的问题。举个例子，2001年12月31日上证A股的市盈率是37.59倍，如果中石化2000年度不是盈利161.54亿元，而是0.01元，上证A股的市盈率将升为48.53倍。更有讽刺意味的是，如果中石化亏损，它将在计算市盈率时被剔除出去，上证A股的市盈率反而降为43.31倍，真所谓“越是亏损市盈率越低”。
图1摊薄
（2）市盈率指标很不稳定。随着经济的周期性波动，上市公司每股收益会大起大落，这样算出的平均市盈率也大起大落，以此来调控股市，必然会带来股市的动荡。1932年美国股市最低迷的时候，市盈率却高达100多倍，如果据此来挤股市泡沫，那是非常荒唐和危险的，事实上当年是美国历史上百年难遇的最佳入市时机。
（3）每股收益只是股票投资价值的一个影响因素。投资者选择股票，不一定要看市盈率，你很难根据市盈率进行套利，也很难根据市盈率说某某股票有投资价值或没有投资价值。令人费解的是，市盈率对个股价值的解释力如此之差，却被用作衡量股票市场是否有投资价值的最主要的依据。实际上股票的价值或价格是由众多因素决定的，用市盈率一个指标来评判股票价格过高或过低是很不科学的。
除了平均市盈率外，衡量一个股市整体是否存在泡沫或是具有投资价值，还有如下指标。
（1）红利支撑股价水平。有人举香港上市的汇丰控股和长江实业的例子，认为没有泡沫的股票价格是由上市公司的分红、净资产支撑的。然而这种情况在世界各国股市中只是特例，特大型公司的股票，成长性较差，炒作困难，分红或每股净资产确定了它的大致价格下限。
（2）平均股价。2001年6月14日沪深市场（剔除了PT股）1089只A股平均价格16.91元，至2002年1月10日，沪深市场1121只A股平均价格为11.51元，有研究人员撰文认为，股票平均价格可以评估市场的投资价值或风险水平。平均股价在15元以上，风险很大，平均股价在10元以下，风险较小。这种经验规律是有一定道理的，但平均股价指标的缺陷仍然存在，价格高低不能作为股票投资决策的主要依据；送股、转增股、配股、股票拆细时平均股价发生跳跃，但股票的内在价值没有相应变化；平均股价没有考虑实质经济，经济繁荣与经济萧条时，合理的平均股价水平自然不应相同。
（3）平均市销率。西方有些学者（肯尼斯.L.费希尔，1984）就提出市销率（PSR，pricesalesratio）的概念，即每股市场价格除以每股销售收入。由于销售收入的波动性要比净利润的波动性小得多，所以市销率比较稳定。而且，一股上市公司的销售收入都是正的，所以计算平均市销率时，几乎不需要剔除上市公司，可以将所有上市公司作为样本，保证了计算的客观性。费希尔对美国股市一百多年数据的检验表明，根据市销率判断个股和大盘，投资效果比市盈率好。在费希尔看来，用市盈率定价是很不科学的，“市盈率10倍太高，1000倍却太低”。（[美]肯尼斯.L.费希尔，2000）
（4）平均市净率（托宾q），与费希尔不同，美国经济学家安德鲁.史密瑟斯等（AndrewSmithersetc.,2001）偏爱平均市净率指标，也叫托宾q指标（qratio）。史密瑟斯认为，q值就像弹簧，将股市拉向它的内在价值位置。他还认为，q值和平均市盈率指标大多数时候朝着相同的方向运动，但平均市盈率偶尔会给出灾难性的价值数据。有一个事例显示了托宾q的威力，2000年初史密瑟斯等出版的《华尔街价值投资》一书根据托宾q建议人们要抛空股票。
（5）市场成本。市场成本（AMC®，AverageMarketCost）,也叫平均持筹成本，是指剔除非理性交易后，市场上所有投资者持有某只股票的平均成本。在信息对称的情况下，市场成本在数值上恰好等于股票的内在价值。用市场成本指标来衡量股市的投资价值，几乎具有以上几个指标的所有优点而没有它们的不足。市场成本可以在相当程度上衡量个股的投资价值，如果市价远高于市场成本，这种股票跳水只是迟早的事，反之，这种股票则值得关注。
市场成本具有广泛的适应性，对不同时期的同一市场或不同的市场，都具有解释力。NASDAQ指数涨得太高，就必然会跌回它的平均成本位置（这是资金堆积的地方），但到了平均成本线上就会获得较强的支撑，并不因为它的市盈率水平是100多倍（参见附表）而还含有多少泡沫。目前上证指数的市场成本为1509.258点，根据市场运行的内在规律，如果跌破这一点，并不是股市没有投资价值，而主要是投资者没有信心。
在股票市场中，当人们完全套用市盈率指标去衡量股票价格的时候，会发现市场变得无法理喻：股票的市盈率相差悬殊，并没有向银行利率看齐；市盈率越高的股票，其市场表现越好。是市盈率没有实际应用意义吗？其实不然，这只是投资者没能正确把握对市盈率的理解和应用而已。
1.市盈率指标对市场具有整体性的指导意义
2.衡量市盈率指标要考虑股票市场的特性
3.以动态眼光看待市盈率
市盈率高，在一定程度上反映了投资者对公司增长潜力的认同，不仅在中国股市如此，在欧美、香港成熟的投票市场上同样如此。从这个角度去看，投资者就不难理解为什么高科技板块的股票市盈率接近或超过100倍，而摩托车制造、钢铁行业的股票市盈率只有20倍了。当然，这并不是说股票的市盈率越高就越好，我国股市尚处于初级阶段，庄家肆意拉抬股价，造成市盈率奇高，市场风险巨大的现象时有发生，投资者应该从公司背景、基本素质等方面多加分析，对市盈率水平进行合理判断。
几个悖论
（1）经济高成长与上市公司质量差。前一段时间，证券市场上一片打假之声。很多投资者认为，中国的上市公司，业绩好的不能相信，业绩差的也有操纵盈利的嫌疑。我就不理解，中国的上市公司作为公众公司，经过董事会、股东大会、会计师事务所、交易所、证监会、新闻媒体等等层层监督，难道做假会比非上市公司厉害，难道中国上市公司的成长远远落后于中国经济的成长？中国的证券市场是转轨经济中的证券市场，不能拿理想的完美的目标来裁剪。国民经济的发展需要国民的信心，难道证券市场的发展就不需要投资者的信心？
（2）中国证券领域的市场化程度较高与证券市场问题成堆。客观地讲，证券市场是中国市场体系比较公开、比较透明的市场，也是发展速度较快的市场之一。但给人的印象却是中国证券问题成堆，必须来一次伤筋动骨的调整，甚至推倒重来。这将把中国证券市场引向何方？
（3）按现金流量贴现计算未必有投资价值，但外资收购意愿强烈。美元兑人民币的汇率并不完全是按购买力平价确定的，而按现行的汇率计算，美元兑换成人民币后有很强的购买力。这导致在国内投资者看来很贵的股权，在境外投资者未必这么看。2001年11月23日新华社深圳又传出消息，美国艾默生公司花7.5亿美元收购华为技术公司下属的深圳市安圣电气公司全部股权。安圣电气尚且如此，大唐电信、中兴通讯（2002年1月9日总市值分别为9.57亿美元、12.44亿美元）难道市场价格很高，对外资没有吸引力吗？不要以为中国的企业不值钱，有些东西并不反映在会计报表里。当然，A股价格存在结构性不合理现象，但不是平均市盈率畸高。
（4）11年指数涨了15倍，但投资者整体的平均投资收益率并不高。指数有时会误导决策。乍看来，沪市11年涨了15倍，上证指数年增长率达27.9%，非常之快了，股市里肯定积累了大量的泡沫。但细心的人应该发现，在1994年8月以前，市场容量很小，股指大起大落，而这少数几家上市公司却将上证指数市场成本抬高到757.519点。实际上，1994年8月1日至2001年12月31日（平均持筹成本1509.155点）上证指数的年平均收益率为9.74%，考虑到交易费用（含印花税、佣金、过户费等中国的交易费用率较高，投资者的换手率也较高，所以总的交易费用数额可观），中国投资者的平均年收益率是非常低的。从长期来看任何一个国家，其股价指数总是在不断上涨，原因在于经济在增长、上市公司平均净利润总额在增长、市场成本曲线也在逐步抬高。长期来看指数总是上升的，不能看指数涨了多高就据此判断股票市场是否不正常。
（5）同一上市公司股票，在不同市场上股价及其表现截然不同。有人喜欢将中石化在香港、纽约和上海市场的不同价格来说明中国市场里存在大量泡沫。这种比较是非常片面的。众所周知，由于市场割裂，国内投资者到香港市场上购买股票受到限制，两个市场上股票的供需关系完全不一样，由此导致价格出现很大差别是很自然的。如果两个市场是自由流动的，价格自然会相互接轨。另一方面，即使两个市场自由流动了，也不能认为A股股价就一定要以香港股价为标准与之接轨。价格将根据新的市场供需关系重新决定。
