从历史发展的角度来看，新三板可能并不是一个新鲜的事物，但是从新三板近两年的变革与更新来看，很多人对于新三板目前的运作要求以及未来的发展轨迹并没有一个清晰的认识，甚至存在一定的误解。接下来介绍一下新三板交易过程中常见的误区。
1.股份转让协议签订完毕即为股份所有权的转移
有的股份协议受让方认为，只要双方签订的转让协议有效，且其履行了支:付股款的义务，就取得了股份的所有权，而不论协议出让方是否就此标的股份与第三人签订转让协议并办理了股份过户手续。基于债之关系而生的所有权(物权)变动问题，最高人民法院经济审判庭于1997年7月4日给中国证监会的答复函中确认了“股份所有权的转移以办理过户手续为有效”的原则。
由此可见，我国对于股份所有权的变动，以过户登记为生效要件，这在立法上采取的是意思主义与交付登记主义相结合的混合制度。只有这样，才能保证交易的安全。
此外，记名股票的转让还有一个过户变更登记手续，即把受让人的姓名或者名称及住所记载于公司股东名册的过程。换言之，记名股票转让之后，在未办理股东名册变更登记前，仅仅在出让人与受让人之间有债法上的法律效力，对公司不发生物权效力，公司仍然与原持有人(出让人)发生法律关系。这便是“公司只承认股东名册记载的股东为公司的所有人，拒绝其他. 切争议”的法律意义。
2.股份转让协议须经上市公司(目标公司)董事会同意或其他股东在同等条件下有优先购买权在大宗股权协议转让之后，有的上市公司或认为该份转让协议未经其董事会同意或认为没有给其他股东优先购买权，从而认为股权转让行为无效。
这个观点混淆了股份有限公司股份转让与有限责任公司出资转让之间的区别。《公司法》第三十五条规定，有限责任公司“股东向股东以外的人转让其出资时，必须经全体股东过半数同意.一经股东同意转让的出资，在同等条件下，其他股东对该出资有优先购买权。
由此可见，有限责任公司体现了“人合”与“资合”兼有的特点。而股份有限公司是典型的资合公司，公司信用的基础在于公司资本而不在于股东，公司资本股份由谁持有对公司信用并无影响，股份的转让也不涉及公司资本的增减,仅仅是股份持有人的变化。股东的股份转让权是股东的固有权利,公司章程、股东大会或董事会决议均不得对此权利之行使加以限制或剥夺。
