虽然挂牌新板对企业有诸多好处，但凡事有利必有弊，企业挂牌新三板要付出哪些“代价”，管理者们也要清楚知道。
1.成本增加
挂牌企业要按照全国股转系统规则要求进行公司治理，做到人员、资产、财务、机构及业务部门分开独立。
此外，还要在原公司的基础上，聘用财务总监、董事会秘书等职位。挂牌新三板后，财务规范了，税收增加了，管理成本也增加了。同时要考虑每年增加的券商持续督导费用、审计师费用、律师费等。
所以，在挂牌新三板前，企业一定要对自己的 “实力”有一个准确的分析，以免后期成本过高，超过预期。
2.管理决策发生变动
由私人公司变为非上市公众公司，企业的决策人员也会发生质的变化。过去是小企业，管理、经营企业老板自己说了算，决策是一道“圣旨”下了，下面马上执行。
而挂牌新三板的企业的经营管理需要董事会决策，重大事项要上股东大会，财务要公开,将彻底颠覆原企业“ 独裁”的局面。而越多的股东参与企业的决策权，也会因“人多嘴杂”为企业未来的发展带来不便。
3.企业将不再有秘密可言了
企业挂牌新三板后，作为公众公司，要做到财务公开，履行完备的信息披露义务，接受第三方监管，企业的经营状况、盈利水平都处于外界关注之中。企业难以通过调整报表来降低经营业绩的波动。一方面， 信息公开对公司的经营管理层带来压力，督促企业规范公司治理。另一方面，成为公众公司后，企业的客户、经营情况、商业模式、财务状况等一举一动全都暴露在竞争对手、供应商和客户面前，企业再无秘密可言。
4,转板不灵活
企业如果不在新三板挂牌，在IPO时，多数企业会在中介机构的建议下,进行一定程度的调整和包装。
但在新三板挂牌后，财务报告、经营状况等都要公开披露，这些信息公开后是无法更改的，这就降低了企业今后在创业板或中小板上市的灵活性。
5.存在控制权流失的风险
企业在新三板挂牌后，股权的流动性大增，而且此时股权可以拆细交易，所以相对控制权的流失风险比一般接受PE投资的风险要大。
