(1)收购难题
哈药集团有限责任公司全面要约收购的第一个难题是资金。根据要约收购公告，本次收购价格达到每股5.08元，为2004年第三季度末哈药股份每股净资产2.66元的1.9倍，收购全部股份(81 029.96 万股)所需资金超过41亿元。
但很显然，哈药集团是有备而来的，在2004年12月14日，哈药集团有限责任公司实际控制人哈尔滨市国资委与中信资本、美国华平投资、辰能投资签署《重组增资协议》，后者以战略投资者的身份，共同斥资20.35亿对哈药集团有限责任公司以增资方式进行重组，分别获得哈药集团22.5%、22.5%和10%的股份。哈药集团有限责任公司在闪电完成增资重组后，挟重金向所有流通股股东宣告，如果证监会无异议，将履行要约收购义务。
在此基础上，哈药集团有限责任公司还通过向中信信托质押其所持哈药集团股权，获得7.8亿元借款，并在登记结算中心存入了8.2 亿元购股款，并承诺余下的32.93亿元资金将根据重组各方的协商，在《要约收购报告书》获准前，由中信资本投资、美国华平投资和辰能投资负贵筹集。哈药集团有限责任公司于2004年12月16日将82 800万元现金(不低于本次要约收购资金总额的20%)存入中国证券登记结算有限责任公司上海分公司指定的中信实业银行上海分行账户中，作为本次要约收购的履约保证金。
此外，令市场担心的另一“个难题是此次要约收购后的股份该如何处置，一旦南方证券决定出售全部股份，哈药集团将至少持有95%的股份。而根据证券市场有关法规，如果持股比例超过75%，必须在买入股份后的第7个月内减持，否则公司将自动退市。
为此哈药集团明确表示，要约收购不以终止哈药股份的上市地位为目的，因此当时市场分析认为有三种可能的处置方式:一是哈药集团事先 与南方证券行政接管组沟通过，届时只在不危及哈药股份上市地位的情况下，出售部分股份;二是即使南方证券抛售全部持股，哈药集团将可能采取大宗交易或二级市场的方式减持股份;三是哈药股份退市，哈药集团选择整体海外上市。
(2)旷日持久的拉锯战
哈药集团发布要约收购后，根据中国证监会关于要约收购的有关规定，证监会必须在发布要约收购公告日次日起的30个自然日内决定是否批准该要约收购，但回答证监会问题的时间不计算在内。2004 年12月20日哈药集团公告后，12月28日，证监会正式受理了该要约收购。2005 年1月初，证监会就收购相关事宜发出问询问题，要求收购方在30天内答复。2005 年1月中旬，证监会的第二批问题送达收购方，同样给予30天的答复期限。
然而，南方证券托管期应在2005年1月到期，主管部门将其顺延3个月。就如何解决南方证券资金窟窿的问题，银监会、国资委的态度也不明朗，方案并不明确。如果证监会就此要约收购给予积极的答复，由于涉及国有资产，还需要汇同国资委的意见，上报国务院批准。证监会在此收购上谨慎行事，是在权衡各利益主体之间的权益。监管部门仍然按照行政思路看待一个市场化做法的收购，两者之间要达成共识当然需要一定的时间。
就在此时，投资方之一黑龙江辰能哈工大高科技风险投资有限公司又出现了问题。共同行动人辰能投资有3亿多元资金与东北高速近3亿元资金一起在中国银行哈尔滨分行的一个营业部出现问题。按3家公司共出资20.35亿元计算，辰能取得哈药集团10%的股权，需出资3.7亿元。因此，辰能是否继续参与此次增资扩股又成疑问。
另外，哈药集团有限责任公司与持有90%流通股的南方证券清算组之间对于收购价格一直未有定论，虽然在收购当时已经高于市场流通的价格，但由于南方证券买入成本过高并且看好哈药股份的发展前景，所以南方证券并不愿意接受要约中的价格。这使得此次全面要约收购难以执行，甚至双方为股东权合法性诉诸法庭。同时，2005 年启动的股权分置改革，又使哈药股份的要约收购问题更加复杂化。因为按照股权分置改革规定，改革方案需要流通股的表决通过，而南方证券掌握了绝大多数流通股，这些股票的效力以及南方证券的选择将决定着哈药股份改革的成败。
(3)尘埃落定
2005年4月29日，曾经在中国证券业叱咤风云的南方证券，终于在深圳正式宣布被关闭，改由中国建银投资有限责任公司接手其证券类相关资产。随着相关博弈各方态度的明朗，哈药股份旷日持久的收购案也终于尘埃落定。哈药集团最终并未完全买下南方证券持有的股份，而是把持股比例降低到一个合理程度，实现了之前市场猜想三种解决方案中的第一种，这样既可以让南方证券在二级市场抛售获利，也可以减缓收购方的资金压力。截至2009年第一季度末，建银投资和南方证券持有哈药股份占股本比已经下降到22.08%和5.75%，哈药集团(股本占比34.76%)重新恢复了第一大控股股东的地位。
此后2005年6月25日，国务院国资委正式批准了哈药集团增资扩股涉及哈药股份国家股性质变更的相关事宜。2005年7月20日,国家商务部下发了《关于同意哈药集团设立为中外合资企业的批复》，正式批准哈药集团为中外合资企业。通过签署了《重组增资协议》，引进外部投资者，激发了哈药集团的活力和竞争力。在2005年医药行业供大于求的矛盾加剧，原材料、能源大幅涨价，医药产品频繁降价，国内医药行业特别是抗生素企业经济效益持续下滑的艰难局势下，哈药集团实现营业收入90.01亿元，同比增长21%，创历史新高。
