(一)交易费率
两市交易费制度存在差异。除少数缴费项目的费率差别外，还有部分缴费项目的收费方式存在差别:
(1)佣金:沪市固定，港市协商。沪市A股交易佣金为固定费率，港股交易佣金可由经纪与客户协商确定。
(2)印花税:沪市单向，港市双向。两市印花税税率相同，为成交金额的0.1%，但是沪股为单向收费，港股为双向收费。
(3)过户费:沪市固定比率，港市固定金额。沪股按照成交数量的固定比率收取，港股则按照固定金额收取。
(4)红利税:沪市“5、10、20"，港市“0或10”。沪股的红利税根据持股时间长短为5%、10%和20%，而香港市场中本地企业派:发股息不收取红利税，内地企业派发红利时按10%征税。
(二)涨跌幅
两市涨跌幅机制存在差异。沪市在大部分情况下(除新股 上市首日外)都实施涨跌幅限制，风险警示股票和未完成股权分置改革的股票涨跌幅为5%，其他大部分股票和基金的涨跌幅为10%。港市不存在涨跌幅限制。
(三)交易时间
对于交易日的规定，沪股和港股都规定法定节假日(公众假期)除外，但是内地和香港的节假日存在差异，导致沪股和港股的交易日存在差异。港交所网站列有假期表，上交所会在节假期前夕发布休市公告。
港股在圣诞前夕、新年前夕及农历新年前夕，将不会延续早市及午市交易。要是当天没有早市交易，当天也不会有延续早市交易。而沪股在节假日前早市和午市都有交易。
港股在遇有台风及黑色暴雨警告讯号时有特殊的交易安排。根据警告讯号发布和取消时间，港股相应设定了取消和恢复交易的时间。而沪股只规定“交易时间内因故停市，交易时间不作顺延”，没有因为天气原因而作出对于交易时间的特殊规定。
此外，上交所和港交所在开盘前集合竞价时段的交易安排也存在区别。具体比较如下所示:沪港两所开市前集合竞价时段交易安排比较，沪股(9: 15~9:30)港股(9:00~9:30) 。
沪股规定:①9:15~9:20可以接受和撤销买卖盘申报;②9:20~9:25可以接受申报，但不可以撤销申报;③9:25~9:30为暂停时段，暂停任何申报。
港股规定:①9:00~9:15为输人买卖盘时段只可输人竞价盘和竞价限价盘，买卖盘可以修改或取消，可输人开市前交易;②9:15~9:20为对盘前时段，只可输人竞价盘，买卖盘不得修改或取消，可输人开市前交易;③9:20~9:28 为对盘时段不得输人、更改或取消买卖盘，不得输人开市前交易;④9:28~9:30 为暂停时段，一切终端机系统活动暂停。
