对冲基金受到多个特别税法的影响。对冲基金在选择税务年度时，为了方便起见，最好选择与日历年度不一致。因为在每年年末，银行和经纪交易商要发布资产负债表，它们会被迫暂时减少资产和负债。
因此很难取得贷款，而且这种跨年度(即年末)的贷款通常费用也高。另外，如果基金可以把自己的税务年度安排得与其他金融机构不一致，那么它就有机会从年末的股价异常中获得不错的收益；至少它在操作管理中会遇到较小的融资和分配压力。
但是，基金要选择与日历年度不一样的税务年度就必须向美国税务总署提供合适的理由。在美国税务总署看来，可以粉饰报表(改变基金的头寸让财务报表看起来更理想)并不是什么正当的理由。所有的经济实体都必须公开其收入和费用实现的方法--是按收付实现制还是权责发生制。经济实体几乎都必须采用权责发生制来确认其交易和事项发生的时间。也就是说有相当把握确定事项或交易的发生及其金额时，收入和费用就要被确认。
S型公司是透过实体，它必须采用和投资者一样的确认原则。因为C型基金公司无法拥有S型公司，S型公司就必须采用收付实现制。这就意味着基金要斟酌向S型公司结构的基金管理公司进行分配。如果基金延迟了应该向管理公司支付的管理费、利润分成等等，那么这两个机构的账目就不一致了。
对冲基金要区别长期收益损失和短期收益损失。此外，如果基金持有期货及其他商品，就要将其收益和损失分账处理。这些资产被称为1256条款资产，其收益和损失的60%被认为是长期的，40%被认为是短期的。
所以1256条款资产应计算相应的长短期收益和损失。而在一定的情况下，为了调税可以对1256条款资产进行重新分类。税法要求投资者报告其对冲交易方法，保留交易记录，并根据这种方法来确认税务年度年末资产价值和未实现的损益。
作为替代，基金也可以宣布所有交易遵循“买卖冲抵选择”(identi-fied straddles),在设立基金的时候就选择此方法就可以避免披露其具体对冲交易方法。按照这种方法，每个税务年度所有的资产头寸都必须盯市，所有未确认的损益也必须予以确认。
