如上所述，投资基金公司的企业制度应按“合伙制+期权制”设立，但是该制的有效性只能在投资基金内部层面上显现，基金公司制度再优越也不能弥补基金整个运行系统上的制度缺陷。也就是说，我们除了解决基金公司制度外，还需要构造出投资基金优良有效的整个运行机制。这种有效的基金运行机制就是在其他公司中也已常见的机制——三权分立制。
“三权分立”制的意义和内容
大家知道，股东大会的所有权、董事会与经理室的经营权、监事会的监察权共同形成的相互制约、自动反馈调节的“三权分立”制是一般股份公司赖以生存的基础，其稳定公平和科学有效性是股份公司发展的原动力。投资基金虽然不进行一般意义上的商品生产或销售，但它以投资为己任，以比生产经营层次更髙的“资本经营”为主业，因此，它自然更需要有完善有效的营运机制，即一般股份公司的“三权分立”机制。
根据国际惯例，我国股市上的规范的证券投资基金已经基本采用了“三权分立”的运行模式。即基金公司的所有权、管理公司的经营权、保管公司的保管及监督权三者分立，相互制约与反馈，从而使之构成一种平稳有效的运行系统。
具体来说是：基金发起人成立基金公司，并将该基金经营权交给一家基金管理公司，委托该管理公司代为投资理财，而同时，管理公司也不拥有该基金资产的保管权，基金的资产保管及运行监督权由一家保管公司（一般是商业银行）拥有，管理公司在运作时除了要遵守国家法令、听从股东意旨外，还要接受保管公司的监督和制约。可见，投资基金这种框架与一般股份公司是极为类似的，只是后者三机构同属该股份公司，而前者行使经营权的管理公司和行使保管、监察权的保管公司在法律意义上来说都不属于基金公司。
