第2003/6/EC号指令要求，成员国应当禁止任何人从事市场操纵行为；主管机关应当采用有关条款禁止和监控市场操纵，应当要求任何从事可能被合理地怀疑为操纵市场行为的交易者不迟延地通知主管机关等。
第2003/6/EC号指令制定以前，处罚一般被认为是各成员国所保留的范围，欧盟并不予以进行统一。因此，针对操纵市场行为，有的国家可能处以较重的处罚，甚至包括刑事责任；有的国家则处罚较轻，有的国家甚至根本不予处罚，这就客观上造成了监管的不一致，并可能使操纵者选择成本较低的国家从事操纵行为。
尽管处罚措施的完全统一是不可能的，第2003/6/EC号指令仍然在这个方向上作出了一定的努力。第2003/6/EC号指令指出，抛开各国在刑事处罚政策上的分歧，各成员国应当保证依照其国内法对违反第2003/6/EC号指令执行措施的行为采取适当的行政措施并对责任人处以行政处罚，这些行政措施应当是有效、适当和劝诫的。也就是说，第2003/6/EC号指令明确了行政处罚是必须采取的。
第2003/6/EC号指令在加强监管和处罚的同时，尊重基本权利并遵循《欧盟基本权利宪章》以及《欧洲人权宪法》的有关规定，对程序权利和基本权利给予了关注，主要体现在：
(1)为了保证主管机关处罚的透明度，主管机关在作出措施或者处罚时应当向公众披露，除非披露会严重有损于金融市场或者给相关各方带来不适当的损害。
(2)成员国应当确保公平裁判的机会，对主管机关的决定不同意的，可以诉诸法院。
