一、协议条款之间是否存在矛盾和冲突，合同约定是否可执行
一般而言，可能会出现履行矛盾冲突的条款是投资款支付与股权变更条款。由于基金投资往往附加条件，所投企业也存在种种不足，因此投资款的支付经常是分次支付，每一次都有支付条件，并且工商变更登记约定在几次支付中间，章程可能会涉及几次变更。如果是复杂的程序，稍不注意就会混淆，更可能会出现合同条款之间的矛盾。
举一个例子：A基金在投资B公司时要求B公司的现有股东先对股权进行内部调整，以达到和B公司各股东的另外一个公司的股权结构一致；然后B公司的实际控制人再向A基金转让部分股权；转让后，B公司的股东再以另外一个公司的股权对B公司完成出资。按这种流程形成的结果是：由于B公司的实际控制人已经转让了部分股权给A基金，因此，以另一公司股权出资的行为变得无法顺利执行(该案案情在案例一章中将会详细描述)。另外，投资协议中约定了分期付款，付款的条件与股权调整、注资、转股的约定交织在一起，让履行的流程显得很复杂。
这种情况经常会出现，很多基金管理人的投资协议结构复杂，并且条理不太顺畅，律师阅读理解的过程就显得吃力。建议遇到类似情形时，可以以付款时间为节点，画出流程图，帮助理解协议的执行程序，才可以发现其中有矛盾或冲突的地方。
二、公司治理结构条款的约定是否清晰无歧义
基金投资后的公司治理是投资中的-个重大事项，基金和原股东也会就此问题反复谈判磋商直到取得利益平衡。部分基金较为强势，对投资后的公司管理除在股东会决议事项中列出若干一票否决权的事项外，还会派任董事，并在董事会决议事项中也会约定董事的一票否决权。有的基金要求所投企业除财务总监外，为了防止董事长滥用签字权，董事长的人选也由基金方派任，由原股东方派任总经理。有的基金要求监管所投企业的公章和财务专用章，有的甚至要求原章销毁，重新刻制(信托公司用得较多)。而有的基金却仅仅要求派任董事，除重大事项的一票否决权外，对所投企业限制不多，仅要求及时报送财务报表。
要求的严苛程度与基金的风格有关，各基金并不完全一致。律师通常需要根据要求为客户草拟不同的法律文件，有时候甚至是包括多个管理约定，但通常重新约定股东会决议事项及要求、董事会决议事项及要求却是基金的最基本也是最核心的要求，并且这种情况下的股东会决议事项及董事会决议事项的明确程度及决策要求远超过普通的公司章程约定，一般内容如下。
1.针对股东会决议，一般对下列事项会要求取得包括投资方在内的代表公司三分之二或以上表决权的股东通过方可作出决议：
(1)决定公司的经营方针和投资计划；
(2)选举和更换董事，决定有关董事的报酬事项；
(3)选举和更换监事，决定有关监事的报酬事项；
(4)增加或减少公司董事或监事；
(5)审议批准董事会及监事的报告；
(6)审议批准公司的年度财务预算方案、决算方案；
(7)审议批准公司的利润分配方案和弥补亏损方案，宣布或支付任何股息、红利；
(8)对公司增加或者减少注册资本作出决议；(9)对股东向股东以外的人转让出资作出决议；
(10)对公司合并、分立、变更公司形式、解散和清算等事项作出决议；
(11)任何收购或被收购、兼并及重组，对公司重要业务、资产的重大处置；
(12)修改公司章程；
(13)导致公司资本结构发生变更的事件，包括但不局限于新的股权问题、债务或准股权问题，以及员工期权计划或其他证券的发行；
(14)任何原股东及公司核心员工与公司之间连续12个月之内单笔或累计超过x万元(根据情况进行约定，下同)的往来账款及贷款；
(15)任何提供给第三方连续12个月之内单笔或累计超过x万元的赔偿或担保；
(16)聘任和/或重新聘任公司的审计机构；
(17)在正常业务经营之外许可或以其他形式转让公司、子公司或下属分支机构的任何专利、著作权、商标或其他知识产权或设定任何权利负担；
(18)改变公司主营业务性质或对非主营业务的投资，包括但不限于对外长期股权投资，及证券、期货或金融衍生产品投资；
(19)预算之外的超过x万元的借贷行为和重大财务开支；
(20)争议金额超过x万元的诉讼、仲裁或其他法律程序的启动、和解、解决；
(21)新三板挂牌、上市计划、发行上市方案以及变更；
(22)单笔或连续12个月内累计金额超过x万元的关联交易；
(23)将公司变更成为外资公司、境外实体或该等实体的关联方，或以其他方式改变公司的性质或结构；
(24)其他可能严重影响投资方权益的事项。
2.针对董事会决议，一般对下列事项会由包括投资方委派的董事在内的三分之二或以上董事通过方可作出决议：
(1)任何原股东及公司核心员工与公司之间单笔或连续12个月内累计超过x万元的往来账款及贷款；
(2)任何提供给第三方连续12个月之内单笔或累计超过x万元的赔偿或担保；
(3)年度预算及预算之外的超过x万元的借贷行为和重大财务开支；
(4)争议金额超过x万元的诉讼、仲裁或其他法律程序的启动、和解、解决；
(5)单笔或连续12个月内累计金额超过x元的关联交易；
(6)公司高级管理人员的相关聘用、解雇、薪资预算等决策；
……
三、各投资者之间的权利义务
在一轮投资中，往往有超过一个基金投资者，一个领投，一个(或以上)跟投，或者共同投资。《投资协议》及其补充协议中投资方就超过一个，这种情况在草拟、修改合同时需要格外予以关注。
通常情况下，某一轮投资中的各个投资者的投资条件是一致的，权利义务也基本相同，在协议中一般统称为投资方。但事实上投资方毕竟是不同的主体，协议履行过程中各投资方对所投企业的管理运作可能产生分歧，可能出现利益分化，因此绝不能视为一体。在设计合同条款时，需要注意合同权利是任何一个投资者有权单独享有还是需要由投资者共同享有，尤其是一些关系到投资者重要权利的约定，比如解除权等类似的权利如果不约定清楚，执行过程中可能会出现重大问题。
例如，在一份投资协议中，原合同解除条款的约定是“各方经协商一致，可以以书面方式共同解除本协议。在合理的时间内本协议约定的任何一项增资先决条件仍未得以满足或丙方、丁方、成方违反本协议项下的陈述、保证或承诺，甲方、乙方可以提前十(10)个工作日书面通知各方解除本协议”。这份协议就存在权利行使上的矛盾，到底是甲方和乙方均有权解除协议还是共同协商一致有权解除协议?律师在遇到这类问题的时候，一定要在协议中作出清晰的可执行的安排。
四、对于上市或挂牌有障碍条款的处理
私募股权投资协议中，通常都会出现优先分红权条款、优先清算权条款、优先购买权条款、优先认购权条款、回赎权条款、反稀释条款、对赌条款等一系列条款，这些条款有的有法律支持，有的没有明确的法律支持甚至还是违反法律规定的，有的虽然不违反法律规定，但却会对公司的经营造成不稳定风险，是上市或挂牌中不允许出现的，私募股权投资基金在约定这类条款时，既要考虑到最大限度地维护自身权益，又要避免可能出现的法律或政策障碍。通常的处理方式是在投资主协议中不出现这类条款，各方另行签订补充协议，在补充协议中约定因上市或挂牌需要，特定的条款停止执行或终止，并在特定的条件下恢复，重新溯及生效。
