BOT模式项目的谈判
在一系列合同谈判中，特许权协议或合同是BOT项目的核心，它具有法律效力并在整个特许期内有效，它规定政府和BOT项目公司的权利和义务，决定双方的风险和回报。所以，特许权协议或合同谈判是BOT项目的关键一环。在谈判时政府必须指派经过严格培训、经验丰富的人员来了解BOT项目的复杂性并能进行谈判。政府的谈判人员必须有足够高的地位和权利代表政府或政府机构对特许权协议的有关条款及时作出承诺。
BOT项目的合同谈判时间较长，且非常复杂，因为项目牵涉到一系列的相关合同，使私营机构能为项目筹集资金，并使政府能把项目交给最合适的投标者。在确定的协议签定之前，政府和中标人都必须准备花费大量的时间和精力起草合同和进行谈判。如果政府与第一中标者不能达成协议，政府可以转向第二中标者与之谈判，以此类推。双方谈判达成一致时，则签定合同或特许权协议。
BOT模式项目建设
在这一阶段，项目公司根据特许权协议或合同规定的技术和时间等要求，组织项目的设计、施工、和采购等项工作。具体可分为项目公司组织有关机构对项目进行详细设计；委托建筑公司对项目建设总体承包；建筑公司对项目进行施工并交付项目公司等几个步骤。
BOT项目的建设一般采用交钥匙固定价格总承包方式，工期提前可锝奖金而延误则要罚款。由于BOT项目较传统项目复杂的多，为使项目正确合理执行，项目公司常雇佣独立监理机构对设计、施工、费用控制和项目管理等进行检查。
BOT项目一般从方案的选择，项目规划、设计、建筑施工，提供设备与安装，人员培训直至开始生产，由主承包商负责到底，目的在于确保建造的支出和完成工期的时间保持不变（但这些合同在某些情况下允许建设开支与工期的变化、调整）。待工程建成、设备安装完毕，经过试车，在产品质量、产量和原材料消耗方面完全符合合同规定的标准的条件下，移交项目。
作为主承包商通常把主要精力放在成套生产设备的设计、制造、供货、安装、调试方面，而将土建工程交给分包商去承担。例如，大型电站工程的主承包商着重抓汽轮发电机、锅炉和变电设备的供货和安装，而将电站厂房、冷却塔和其他辅助设施的土建工程向外分包。因为一般主承包商具有组织同类大型生产企业建设经验，而不是以实施土建工程为主要业务的，所以他们将土建工程分包给有经验的土木建筑工程公司。
主承包商为免去直接指挥工人的的繁杂工作，一般采取包工不包料的方式，将施工分包给能提供全部劳务人员并能管理劳务的公司。劳务分包在责任、义务、权利方面都比较复杂，因此应对劳务分包的内容作出十分明确的划分。劳务分包既是外国公司作为主承包商降低成本的有效途径，也可为东道国企业创造赢利机会。
分包商一般在投标前以选定，由主承包商邀请分包商报价，通过议价标而不是公开招标来确定。选择分包商的主要条件是具有类似工程的施工经验、足够实力（包括财力和设备能力）、足够的技术力量和熟练工人、报价合理且低廉。
BOT项目建设的主承包商往往不是东道国的企业，因此不熟悉该国的社会、法律、经济、商务和金融情况，不了解当地的传统习惯和人际关系，不清楚解决各类问题的方法。而这些对项目及其成败具有决定性意义，因此主承包商除将部分工程分包外，往往在当地聘请代理人，协助其开展业务。在国际工程承包中，代理人的服务是多方面的，而且非常重要，因此代理人的选择也非常重要。只有那些信誉良好、关系广泛、熟悉业务、地位合法的代理人才是合适的。
BOT模式项目经营
项目经营是项目投资者归还贷款、回收成本、分得红利和上缴税收的重要阶段。在项目经营期内，项目公司全权负责整个项目的生产经营管理，其经营管理越好，经营费用越低，越能早日偿还贷款，尽早获得利益。因此，项目公司会采用最优的方法，对项目运营实施管理。对项目的具体运营，既可以是项目公司本身，也可以是项目公司的股东，但在项目公司及其股东没有运营经验或没有能力的情况下，经营工作也可通过签定《运营维护合同》分包给独立的运营维护商。运营维护商必须具有丰富的经验和良好的业绩，有较强的商业和合同管理能力，且有较强的专业技术力量。一般情况下，经营维护商在项目早期就应参加到项目工作中，在设计过程中提出好的建议，来保证在现有造价条件下使项目实现最有效的运行。
运营维护商在运行维护项目时，一般指派若干名技术和管理人员，在当地招聘技术工人，并培训东道国技术和管理人员。在项目运营期内，运行维护工作要逐步过渡到由东道国人员来完成。运营维护商也可将部分相对独立的工作分包给当地有能力完成经营工作的公司。
根据特许权协议，为保证BOT项目的垄断性，有些情况下，东道国政府也将与新建项目有竞争的现有项目交由BOT项目公司经营。在这种情况下，运行维护商除运行新建项目外，还要负责经营现有项目。
值得一提的是，项目的维护保养对东道国政府具有特殊意义。BOT项目的最终所有权要移交给政府，若平时维修不善，移交的很可能是一个即将废弃的项目，因此项目公司与运营维护商签定《运营维护合同》时，以及在合同执行过程中，政府都要参与意见并监督执行。
BOT模式项目移交
特许期满后，项目公司必须按特许权协议中规定的项目质量标准和资产完好程度等，将项目的资产、经营期预留的维护基金和经营管理劝全部移交给东道国政府。这是采用BOT投资方式与其他投资方式相区别的一个关键所在。采用BOT方式，可以合资经营，合作经营，独资经营，但在经营期满以后，却会遇到投资方如何将财产移交给在东道国政府的问题。
项目移交的日期也可以不定死，如果项目公司超过了预期并提前实现其全部的股本收益，移交的日期就可提前；如果由于非股本投资者和非项目公司所能控制的因素作用，其预期的收益到期没有达到，那么特许期也可推后；移交可以是无偿的，也可以是有偿的（中国BOT项目的移交是无偿的），但这些灵活的办法必须在原特许权协议中有所规定，或在项目经营期间通过谈判，获得双方的认可。当然移交也可能发生在一些非正常情况下，如违约和不可抗力等。项目移交政府后，项目公司还可继续经营，但这时的经营只是作为受政府委托代为经营，项目公司本身已不再享有原特许权协议中授予的各项权利。政府是否继续委托原项目公司经营，由东道国政府自己决定。
从我国目前BOT项目的运作情况来看，可得出以下经验：
1）通过招标方式选择投资人，使项目运作规范有序，由招标竞争确定的回报率，较低较合理；而且降低了产品价格，减轻了政府的财政负担，提高了技术和管理水平，使最终用户受益
2）专业咨询公司的参与，弥补了项目运作人员精力、经验与专业知识等不足，使项目运作更严谨合理，更符合国际惯例；
3）专门的招标机构有利于加强与政府各部门的协作，大大降低项目前期工作的复杂程度和难度，且项目基本条件的明确化、合同化，易于招投标双方共同理解、遵守和执行；
4）由于BOT模式完全建立在市场化原则之上，投标人间的激烈竞争，使政府部门始终处于主动地位，并为基础设施建设的市场化运作，提供了宝贵的经验。
5）BOT模式的前期工作周期较长、费用较高，一般前期工作周期在二年以上，费用在2000万元以上（由政府有关机构垫付，中标人中标后返还），但是，这与产品价格低、提高项目管理技术水平等融资成果相比，是值得的。
