对冲基金的审计工作繁冗而痛苦，很多人将该项工作的痛苦程度与拔牙时未使用麻药的痛苦感相提并论。审计过程中，基金经理需要收集整理大量关于其所管理的基金在投资者、交易、资金等方面的数据及信息，以及其与各第三方服务机构间的业务开展情况信息等供审计机构审阅。但是上述大量的数据及信息并不在基金经理的掌控之中。在上述数据及信息的搜寻过程中，基金经理首先需要梳理其业务开展中的各项主体，比如投资者、交易对手方、第三方服务机构等。上述主体梳理明确后，基金经理便可拟将与审计相关的数据、信息需求发送于相应的主体。而需求发出后对方的响应速度便不再受管理人所左右对方响应的速度有快有慢，但审计工作完成的前提是收到所有的反馈。审计工作的整个过程并不掌是在基金经理手中这是基金经理的痛苦所在。
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如前文所述，大量对冲基金的组织形式都是有限合伙或者有限责任公司。而在会计处理层面，对冲基金都被视为有限合伙，这意味着对冲基金都要适用十分复杂的有限合伙会计准则。不幸的是，合伙企业会计并不简单，甚至很复杂，不论发展战略和管理资产是怎样的。对冲基金的每一个投资者或者合伙人都会被分配到一个资本账户，该账户会记录和评估该投资者或合伙人在持有基金的过程中的收益。每年年末或者基金的开放期，基金经理都会向投资者提供关于该账户的详细报告。所谓基金的开放期，主要是指对冲基金合伙份额比例会发生变化的期间（允许有合伙人参与或退出的期间）。在基金的开放期，基金的资产会按照市价估值，基金的收入及费用也会进行每日结算，对基金份额的估值力求做到精确。对冲基金会在法律文件中明确开放期的结束时间，其通常会是某个月的最后一日。开放期结束之时审计机构会对基金的估值及份额确认等进行审计。对冲基金变更后的合伙份额比例会在开放期结束后的次日（通常会是某个月的第一天）生效。
