回顾十几年来的发展历程，可以看出中国资本市场形成了一定的规模，走过了市场经济先行国家几十年以至上百年的路程，取得了一些实效；但是，我们也应该清楚地看到，中国的资本市场总体发育水平低，仍然是不规范、不完全的资本市场，与市场经济发展还不适应。目前，中国的资本市场存在的主要问题有：
(一)资本市场的行政化现象严重
市场的行政化是中国资本市场的显著特点。中国的资本市场是政府理性选择的结果，所以资本市场的发展不可能完全依靠市场自发作用，中国的资本市场从发展之初就被纳入行政化的轨道，政府通过行政机制和行政手段，对股票发行、上市和流通进行全程的行政干预，在相当程度上扭曲了资本机制和市场机制。在股票的一级市场上，政府采取额度控制行政保荐的办法，完全垄断了股票的发行市场，股票的发行与上市行为在这里演化为企业对政府的“公关”行为，烦琐和冗长的“公关”过程与巨大的不正常的“公关”代价，在扭曲了上市的机制的同时，也弱化排斥了市场选择机制和竞争机制；同时，这种审批制度只注重市场准入，忽视了入市规范。在股票的二级市场上，因一级市场上行政选择而导致的“包装”、“伪装”行为不可能经得起股票二级市场的检验，上市公司“一年绩优，二年绩平，三年绩差，四年绩劣”已经成为中国沪深股市中一个比较普遍的现象；另外，政府过多地涉入资本市场，增强了资本市场对政府行为的依赖性，也使得政府在股价暴涨时频频出面“压市”、“托市”，并最终使股市陷入“政策市”，阻碍了直接融资的正常发展。
(二)资本市场的内在结构存在着明显的制度缺陷
(1)中国的资本市场只有现货市场，缺乏期权期货及其他金融衍生品市场，这样，中国的资本市场只有做多机制而不具备做空机制，不具备期货期权市场中特有的价格发现功能、套期保值功能，这就大大抵销了资本市场本身所固有的优点和优势。
(2)在股票的二级市场方面，缺乏与不同经济发展层次相适应并能反映股票和股份经济本质要求的多层次的市场体系和市场结构。
(3)债券市场的结构不合理，无论是债券种类还是债券规模，国债和国家金融机构发行的金融债券都大大高于企业债券。1999年，中国累计发行债券6015.89亿元，其中，国债为4015亿元，占发行总额的66.74%；金融债券为1800.89亿元，占发行总额的9.94%；企业债券200亿元，占发行总额3.32%。
(三)资本市场的主体问题多
(1)投资者结构不合理。中国的证券市场一直呈现出以中小投资者为主，机构投资者为辅的特征，截至2000年3月份，中国投资者开户数达4754万户，其中机构投资者21.46万户，约占所有投资者户数的4.5%，而散户占了95.5%，即使是机构投资者也只是在近两年才有较大的发展。而在发达国家成熟的股票市场上，机构投资者都占较大的比重，如1997年，美、英、日三国的机构投资者持有的股票占上市股票总值的比例分别为80%、79.5%、81.0%。由于证券市场的投资者主要是个人投资者，而且收入低、资金量小，多数中小散户无力进行长期投资，这就在相当程度上决定了中国资本市场投资行为的短期化和很强的投机性。另外，由于中小投资者对证券知识了解少，掌握信息少，易被谣言和传闻所误导，或被一些大的投资者所操纵。
(2)上市公司结构不健全导致整体素质低下，行为不规范。中国上市公司中有相当大比例的公司集中于传统产业、夕阳产业，形成了低效的行业结构。此外，不可流通的国家股、法人股比重过高，造成了上市公司凝固和失衡的股权结构，使上市公司法人治理结构功能弱化，其表现是：股东大会作用弱化，董事会独立性不强，监事会的作用有限。具体说，一是上市公司超级股东控制一切，股权结构不合理，公司机构间无法形成制约关系；二是董事会机构性质不明，职责不清，独立性不强，董事会基本上成了大股东的“代理人”，凌驾于股东和股东大会之上。由于上市公司股东股权过于集中，公众股东股权又高度分散，形成大股东操纵或内部人控制董事会的局面，以至于损害中小股东利益的情况经常发生。部分上市公司把发行股票仅仅当做筹资、解决困难的手段，忽视经营机制的转换，运作不规范，致使企业缺乏后劲，上市时“轰轰烈烈”，上市后经营业绩出现滑坡，质量堪忧，成为证券市场健康发展的重大隐患，市场风险有所增大；有些企业为达到上市条件，增加募集资金，在申报财务报表时掺杂水分，弄虚作假，进行过度包装，有的甚至达到严重违法违规的地步。因而上市公司的整体素质低下，在核心盈利能力指标——资产回报率上，“全美500大上市公司”中市值最高的10家企业的平均值为10.86%，而中国10大上市公司的总资产回报率为4.12%，落后6.74个百分点，而1999年度所有上市公司的资产回报率只有2.21%，扣除非经常性损益后只有1.9%，对比中可见中国上市公司素质低下的程度。
(3)中介机构还不成熟、不完善。由于中国证券市场发展时间不长，再加上监管不严，约束惩罚制度不完善，使得证券中介机构的行为不规范，一度给证券市场带来负面影响。
(四)资本市场的法律法规还不完善
资本市场正常运行和有效运行的一个重要前提，是必须有一套反映市场经济本质要求和资本市场内在规律的完善的法律制度和健全的法律体系，但由于中国资本市场所走过的10年路程正是新旧体制转轨的过程，也是人们对市场经济体制、市场经济机制和市场经济文化从抵触、漠视到认同和了解的过程，因而在这个过程中形成的市场规则，也都带有鲜明的时代印记，不能准确地把握市场经济的本质要求和内在规律，也不能有效地指导中国资本市场的运行实践。这突出地表现在对国有公司处罚难以奏效。
前期银广夏欺诈案件的揭露，三九集团的母公司挪用上市公司资金的事件被揭露，以及在前些时间基金黑幕的被揭露，使大家看到了问题的严重性，认识到了中国资本市场上还缺乏有效的监管机制。显然，解决这些问题需要资本市场建立起较完善的规则，而且是有效的、能够切实实施的规则。
有效规则的建立需要一个过程，需要通过对丑闻的揭露来进一步完善资本市场，不能因为出了点事就否定资本市场的发展与作用。其实，如果不出现一些事，就不知道规则如何建立，不知道该监管什么，没有人能事前全知全能。即使有国外现成的规则可以借鉴，由于我们的体制还有许多“中国特色”，市场上的骗子也会有“中国特色”，这就需要我们自己去探索监管的办法。因此，出了一些事，不必大惊小怪，这是一个自然发展的过程，出了事，能为建立规则创造条件。
不过，在中国的资本市场上，的确有一些特殊的问题值得注意，比如国有上市公司与国有券商的问题。中国的证券公司、基金公司等目前还是由政府控制的，多数也是国有公司，对这些国有控股公司和国有券商如何监管是一个问题。这里涉及到法律有效性的问题。
法律的有效性在于对违法者的惩罚。只有违法者受到惩罚，这个法律才有效力；如果违法者得不到惩罚，这个法律就会失去效力。处罚不应仅仅是撤一个人的职，开除一个人，而是要从产权开始。如果他非法赚到几千万元，就要罚他几千万元(还得因其违法而加倍)。如果是私人企业，一旦犯法就可以罚得他倾家荡产，可以把他赶出市场，但是现在大多数庄家、炒家是国有公司，这难以罚倒他们，最重的处罚不过是行政上的人事处罚，而无法用经济手段加以处罚，因为最终处罚的是国有资产。
(五)资本市场的监督力度不够
中国尚未形成有效的监管体系，政出多门，对证券发行和交易的管理分散于地方和中央的各个主管部门之间，每家机构对市场的不同侧面予以管理，不时发生冲突，一项有效的市场政策往往因涉及多个部门会因部门之间的权力利益而流产。
(六)资本市场的开放程度不高
资本市场的开放度直接影响到企业的融资能力和对外资的吸引力。开放度越高，企业选择余地越大，融资成本越低。同时，外资引入也有利于企业发行新股进行融资，此外，国外投资银行的进入也有利于国内企业的兼并重组，提高上市公司质量。然而，中国资本市场的成长和发展，至少到目前为止，基本上是在一个相对封闭的环境下进行的，虽然在吸引外资方面进行了许多探索，也取得了引人注目的成绩。但是，在中国资本市场与国际资本市场的接轨方面却一直没有取得突破，更谈不上中国资本市场与国际资本市场的融合和参与国际资本市场的竞争。
(七)金融交易工具过少，市场缺乏避险工具
中国股市不仅波动幅度大，整体风险高，而且系统性风险在总体风险中的比重也较高，目前既没有做空机制，又缺乏风险对冲工具，所以一方面使投资者无法建立风险对冲机制，风险控制能力受到削弱，投资者规避系统性风险的方法只能是从股市退出，另一方面，也阻碍了机构投资者入市的步伐，限制了其发展空间。
