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1994年，石波从学校毕业之前，先在上市公司待了一段时间，后来到了君安证券，这是他第一次接触股票。应聘的时候，君安证券的主考官问他，你知道B股吗？他说：“我不知道，但是我可以学习。”

在君安证券的早期，石波做的是投资银行，主要工作就是寻找好的企业，对之进行包装，让它们上市，这也是石波第一次接触到证券投资。他现在回忆，投资银行业在证券行业里面是最基层的工作，非常辛苦，要到处跑，要长期出差，那时候，石波甚至还去过东北大兴安岭里面做项目。然而正是这种艰苦的磨炼，让石波接触了企业，形成了比较好的调研基础。

在19961997年满城风雨的“申华事件”后，石波与另外一些君安证券的元老，入主申华董事会，担任起上海申华实业股份有限公司常务副总经理。

事业之初，他春风得意。然而，1999年“君安事件”爆发，国泰证券并购了君安证券，原来的君安证券随之土崩瓦解。

不过，幸运的是，此时的石波加入了华夏基金，从此开始了投资生涯。第一年，他就做研究主管，做公司调研等方面的研究，这段时间，为他形成“品质投资”理念打下了认知上的基础。

2000年，石波通过竞聘成功当选华夏基金兴科基金的基金经理，第一年就取得了全行业第4名的成绩。

2004年开始，石波负责管理华夏回报基金，在同类型的基金里面，3年业绩稳居第二，是中国分红次数最多的基金。《福布斯》将华夏回报列为“2006福布斯中国优选基金”，认为追求较高绝对“回报”的基金正在被树为华夏基金公司的典型。而石波在公司的类别选择上，由投资机场、公路和港口这些“物”的公司转向了张裕、万科、大商股份和云南白药等“管理团队出众”的公司，得到了不错的回报。

2003年后，因为市场环境的改变，基金的重仓股异军突起，白马股走出一波波行情，基金也随之成为最大赢家。也是从那一年开始，基金的收益率开始远远超过绝大部分散户和个人投资者。而以石波、吕俊等为代表的基金经理，也被称为中国基金业的“黄金一代”。