从企业绩效评价的角度来看，杜邦分析法只包括财务方面的信息，不能全面反映企业的实力，有很大的局限性，在实际运用中需要加以注意，必须结合企业的其他信息加以分析。主要表现在:
(1)忽视了对现金流量的分析，对短期财务结果过分重视，有可能助长公司管理层的短期行为，忽略企业长期的价值创造。
(2)财务指标反映的是企业过去的经营业绩、衡献工业时代的企业能够满足要求。但在目前的信息时代，顾客.供应商、雇贝、技术创新等因素对企业经营业绩的影响越来越大，而杜邦分析法在这些方面是无能为力的。
(3)在目前的市场环境中，企业的无形知识资产对提高企业长期竞争力至关重要，杜邦分析法却不能解决无形资产的估值问题。
(4)杜邦分析体系所运用的指标来源于资产负债表和利润表，因此具有一定的局限性。
①作为核心指标的会计利润指标容易被粉饰、甚至操纵，不利于真实反映企业的盈利水平及盈余质量；
②现金流量对企业财务风险的预警强于会计利润，而因此解决体系缺陷比较好的办法就是传统财务分析指标体系。比如:一家进行债务重组的公司可能营业利润为正，但是反映现金获取能力指标却为负数。
(5)以权益回报率作为核心指标不能完全体现股东财富最大化的目标。
在上市公司的绩效评价中，对每股盈余的比较往往比权益净利率占有更重要的地位，而且在假设普通股股数不发生变化的情况下，每股盈余能更直接地反映股东财富最大化的目标。
