ETF基金在二级市场交易的价格与净值有时会有一定差距，所以就产生了套利空间。
不过，这样的套利通常都不会太大，而且在操作上要考虑流动性、手续费以及价差变动的风险。
我们首先要知道ETF是由一揽子股票组成的，所以如果这些股票涨了但是ＥＴＦ的净值没跟上，可以买入ＥＴＦ然后再在二级市场上分散卖出股票。如果是ＥＴＦ净值比一篮子的股票还高的话，买入股票然后按比例转为ETF基金。
除了套利的时机比较难把握外，套利还会在一级市场和二级市场之间交易。目前，一级市场的申购，至少要100万份起购，由此可见门槛还是比较高的。
最近几年，香港市场上出现越来越多的ETF产品，相挂钩的产品也门类众多，包括了黄金实物、A股股票、房地产信托等。尽管这一产品在散户中还没有成为热门，但是一些香港的对冲基金经理已经熟练地运用ETF作为套利或是对冲风险的工具。这里笔者介绍一些业界老手常常用到的套利手段和风险对冲策略。
机会稀缺套利
ETF作为一种交易所买卖的基金，它本身在市场上的交易会有一个价格，这个价格基本上与这个ETF所代表的每股资产净值相对应，一般ETF的发行商会按一定频率在固定的地方或是网站上公布其ETF的净值，以便投资者参考。 不过上述净值和ETF在交易所里的交易价格往往不一致，因为后者反映的不仅仅是它背后正股或是挂钩商品的资产净值，同时还包括了部分溢价因素。这部分溢价产生的原因有很多，涉及ETF所挂牌交易市场的流动性、投资者准入难易程度、ETF背后关联资产的波动性以及这个ETF发行商本身的信誉等。 不论哪一种原因，价格与净值的差异都是对冲基金套利的良好机会：如果ETF的资产净值在某个时段内一直低于二手市场上的ETF交易价格时，反映这个ETF的资产被低估了，投资者可以考虑在二级市场上买入一篮子的股票，然后按比例向相关ETF的创设券商申请转为对应数量的ETF，并同时在市场上卖出ETF。
如果情况相反‖某个时段内，一个股票型ETF的资产净值高于ETF的价格时，投资者可以在市场上买入与一篮子股票数量相对应的ETF，然后向这个ETF的交易券商申请把买入的ETF转为实物股票篮子组合，并在市场上迅速出售这一组合。
上述策略看似简单，要执行起来颇考验投资者的整体协作能力。因为净值与价格的差价未必能一直持续出现巨大差异，而基金经理要与创设券商完成相关的交易，往往需要一定时间，而这种套利机会存在的时间往往并不足以让基金经理完成交易安排。 利用ETF的价格和净值差寻找套利机会，其概率往往一年之中碰不到几次。而且如果没有比较好的经纪机构(prime broker)的支持，以及良好的交易系统基础，上述策略未必会奏效；有时可能忙活了半天，只是便宜了股票经纪人。
