沪港通交易实行总额度和每日额度控制。其中，沪股通总额度为人民币3000亿元，每日额度为130亿元;港股通总额度为2500亿元，每日额度为105亿元。额度控制由两家证券交易服务公司具体实施，即沪股通额度由联交所证券交易服务公司进行管理，港股通额度由上交所证券交易服务公司进行管理。
总额度余额在每日交易结束后计算并在证券交易服务公司指定:的网站上公布。若总额度余额小于每日额度，证券交易服务公司将自下一个交易日起停止接受买人申报，但仍然接受卖出申报;总额度余额达到每日额度时，自下一个交易日起恢复接受买人申报。
每日额度余额由证券交易服务公司进行实时监控，并按固定频率在其指定网站公布。若沪股通当日额度在上交所开盘集合竞价阶段使用完毕，则联交所证券交易服务公司暂停接受该时段后续的沪股通买入申报，此后在连续竞价阶段开始前，沪股通买人申报可能因当日额度余额大于零而被恢复接受;若港股通当日额度在联交所开市前时段使用完毕，则上交所证券交易服务公司暂停接受该时段后续的港股通买人申报，且在开市前时段内不再恢复。沪股通和港股通在这一时段额度恢复机制上的不对称安排，主要是由于两家证券交易服务公司在订单接收的技术处理上存在差异。具体而言，在港股通中，鉴于上交所证券交易服务公司使用的技术系统在转发港:股通交易订单时，需要记录包括废单在内的每一个订单，以便券商
对投资者资金进行前端控制，在开市前时段若允许恢复接受买人申报，可能出现投资者在暂停接受申报后仍频繁重试的情况，导致产生大量的“合理”废单，占据系统资源并达到系统最大容量。为避免这一情况，港股通开市前时段暂停接受买人申报后，该时段结束前不再恢复。而在沪股通中，由于香港市场不存在对投资者资金进行前端控制的安排，其技术系统无须记录废单，因此不会出现上述产生大量废单的情形。由此，沪股通集合竞价阶段暂停接受买人申报后，若出现买单撤销等情形导致当日额度余额大于零，联交所证券交易服务公司将恢复接受买人申报。
若当日额度在上交所连续竞价阶段或联交所持续交易时段使用完毕，则证券交易服务公司停止接受当日后续的沪股通或港股通买人申报，且当日不再恢复。但投资者应注意，若上交所未来对恢复机制另行作出规定，则以其后续规定为准。
