2014年9月26日中国证券登记结算有限责任公司(以下简称中国结算公司)发布了《沪港股票市场交易互联互通机制试点登记、存管、结算业务实施细则》(以
下简称《实施细则》，对沪港通登记、存管和结算业务的基本模式和要求做了全面明确的规范。
《实施细则》的重点包括: ;
在资金清算方面，遵循“先港币清算后人民币清算”的原则。中国结算公司作为境内结算参与人的共同对手方，证券和资金结算实行分级结算。
在公司行为方面，中国结算通过境内结算参与人为港股通投资者提供名义持有人服务，服务范围包括现金红利派发、送股、股份分拆及合并、投票、公司收购及出具持有证明等。中国结算公司，办理额度内供股、额度内公开配售和以股息权益选择认购股份的服务，但暂不提供超额供股和超额公开配售的服务。投资者不能通过港股通来认购香港市场新股。对内地投资者而言，现金红利和股票红利的实际到账日将晚于上市公司公告的日期。对于内地投资者而言，中国结算公司的公司行为时间安排与香港上市公司公告的安排存在一定差异。这是因为，中国结算公司收到香港结算公司的权益资金款后，需要与银行确定换汇汇率并将外汇红利款兑换成人民币，再派发至结算参与人备付金账户。
在交收期方面，交易交收资金和证券的交收期为T+2;公司行为资金、风险管理资金、证券组合费的交收期为T+1。港股通业务的交收日历安排，由中国结算根据香港结算的交收日历和上交所的港股通交易日历，以及资金汇划、风险管理等因素确定并提前向市场公布。
在换汇流程及汇率价格方面，《实施细则》规定，在开市前，中国结算公司通过上海证券交易所公布当日港币对人民币双边参考价;收市后，再根据港股通应交收金额与港股通结算银行进行净额换汇，相应换汇成本按成交金额分摊至每笔交易。对红利款和公司收购款等资金，按与港股通的结算银行商定的汇率换汇。
在结算货币方面,《实施细则》中规定，除风险管理业务以人民币结算外，中国结算公司与香港结算公司之间的其他业务以香港结算确定的币种为结算货币。中国结算与境内结算参与人之间以人民币为结算货币。
在“风险隔离”原则方面，境内结算参与人无须缴纳香港市场的保证基金，不分担香港结算公司的参与人因违约可能产生的损失。基于香港结算公司的风险管理要求，中国结算公司将根据境内结算参与人的未完成交收头寸，向境内结算参与人收取差额缴款和按金，并保留在香港结算公司对中国结算公司收取集中抵押金的情况下，向境内结算参与人分摊的权利。参与港股通业务的境内结算参与人应以结算参与人为单位缴纳20万元结算保证金，相关资金按结算保证金管理要求纳人互保范围。
在费用方面，境内投资者通过港股通买卖港股，需要缴纳的结算和存管费用包括股份交收费和证券组合费。相关费用均为中国结算公司代理香港结算公司不加收任何费用。此外，投资者在境内非交易过户港股时，除需要向中国结算公司缴纳过户费外，还需要按照香港税法的规定缴纳印花税。办理质押业务时，需向中国结算公司缴纳质押登记费。
