在为企业挂牌新三板做法律服务时，有的企业在进行股改时往往出现净资产审计值低于注册资本的情况，根据《公司法》第九十五条规定，有限责任公司变更为股份有限公司时，折合的实收股本总额不得高于公司净资产额。就是说，即使是处于亏损状态的公司也可以挂牌新三板，但是公司不能亏损到审计后的净资产低于实收资本的情况
如果出现这样的问题——企业经审计后的净资产低于实收资本，可以采取以下几种方式进行调整。
第一种方案：减资，减资完成后再进行股改或减资同时进行股改
减资完成后再进行股改
如公司注册资本1000万元公司，目前公司净资本只有800万元，可以减少注册资本200万元，公司完成减资程序并办理工商登记变更后，公司再进行股改。
2、减资同时进行股改
公司在减资同时进行股改，此种方式在新三板及IPO中已有实际操作案例公司在整体变更时减资的处理方式。
接下来，我来给大家说一下一个比较通用的方法：
首先公司召开发起设立的股东大会，决定以及联系会计师事务所审计公司净资产以其大部分为变更后的股份有限公司的注册资本，剩余零头转为资本公积金。
在报纸上刊登了减资公告。由会计师事务所有限责任公司出具《验资报告》。
第二种方案：溢价增资
溢价增资是在实务操作中最经常使用的方式，也就是通过增加公司注册资本补齐与净资产之间的差额，根据增资的主体不同，又可以划分为如下几种方式：
1、以货币或其他出资方式对公司进行增资。
（1）原股东通过货币出资溢价增资，部分出资转为公司资本公积金，公司整体变更时，以公司资本公积金转增公司注册资本，以此种方式避免公司净资产不足注册资本的情况。
（2）引进战略投资者、财务投资者对公司进行溢价增资。
（3）设立员工持股平台对公司进行溢价增资。
2、原股东对公司的债权转为股权。
所谓债权转股权是指公司债权人将其对公司享有的合法债权转为出资（认购股份），公司会计处理表现为其他应付款转为公司资本公积金，增加被投资公司注册资本的行为，但是债转股不适用于公司设立。
第三种方式：调整改制基准日
无论是增资还是减资，因其程序的复杂性都可能会导致公司改制基准日的延后，所以公司可以主动调整股改基准日（审计基准日），以时间换空间，即公司未来几个月预期能持续盈利的前提下，推迟股改基准日，待公司净资产审计值（预估）大于或等于注册资本后进行股改。
有限责任公司整体变更为股份有限公司，通常的做法是有限公司原股东以有限责任公司在某一时间点的净资产，按照一定的比例进行折股，成立新的股份有限公司，原股东按照相同的比例持有股份有限公司的股权。新设立的股份有限公司承接原有限责任公司的资产和负债，其资产类和负债类的科目及余额保持不变，其净资产超过股份有限公司注册资本部分，计入资本公积，整体改制后，股份有限公司的盈余公积、未分配利润余额为0。现根据我国公司法第九十五条，有限责任公司变更为股份有限公司时，折合的实收股本总额不得高于公司净资产额。有限责任公司变更为股份有限公司，为增加资本公开发行股份时，应当依法办理。因而，在净资产折股的过程中，公司存在以净资产1比1折股或小于1比1折股两种可能性，在1比1折股的情况下，所有净资产均计入注册资本，以小于1比1进行折股，净资产超过注册资本部分以股本溢价计入资本公积。
首先通过上述两种方式，在公司以审计后净资产全部折入注册资本，或者是一定比例折股，将未分配利润和盈余公积计入资本公积后，改制前的利润就以注册资本或资本公积的形式留存在公司内部，而不需要与改制后的新股东共享以前的滚存利润，改制后公司经营产生的利润可以由新老股东共享，这对于公司来说有利于公司的长远发展与利益设定。但是分开来看，采取一定比例进行折股，最直观的就是通过未改制前公司账面的情况来折股比例的确定，但这里值得提出的是根据公司法第168条公司的公积金用于弥补公司的亏损、扩大公司生产经营或者转为增加公司资本。但是，资本公积金不得用于弥补公司的亏损。法定公积金转为资本时，所留存的该项公积金不得少于转增前公司注册资本的百分之二十五。
因此根据法律规定，从这方面看1比1整体变更方式与公司法168条是冲突的，但是我们应该可以理解为整体变更和公积金转增资本是不同的两个法律关系，整体变更是新的股份公司发起设立，可以不适用公司法中对公司在经营过程中的公积金转增资本的相关规定。所以在通常情况下公司是根据实际情况将盈余公积和未分配利润中部分或全部转增注册资本，从最直接的方面来看，对于改制公司有利的地方在于通过把股本做小，提高每股收益,有利于上市发行定价，另外以后上市公司每年都面临股本分红的压力，而分红的方式不外乎现金分红和送股两种。现金分红会减少企业的资金积累，而且现金分红一般较少，投资者（股东）一般也不会过分关注现金分红；股本偏小的话采取送股的方式可以将公司的利润以股权的形式留在公司，公司将会有更多的资金投入到扩大再生产；而且采取高比例送股的公司，往往会给投资者留下公司正处于快速发展的良好印象，其股价在二级市场的表现往往更优秀。因而，从这些方面来说公司也拥有更多的主动权。
至于税收方面，由于我国现行的法律、法规没有对有限责任公司整体变更为股份有限公司时，其盈余公积和未分配利润是否视同全额进行分配作出规定，税法也没有明确这种情况下其自然人股东是否需要缴纳个人所得税。
在现实的情况中，由于自然人股东没有现金的流入，存在一定的缴税困难，很多公司从减少当期代扣代缴个人所得税的角度，把盈余公积和未分配利润直接转入资本公积科目，不认定其属于分配行为，自然人股东当期不缴纳个人所得税，不视为利润分配进行税务处理。这种操作模式，从本质上来说其实转增股本的未分配利润和盈余公积是一种分配行为，转入资本公积的就不作为一种分配行为，是人为割裂成两个会计事项，主要是为了减少当期自然人股东应纳的股息红利个人所得税。但从实务上说，一方面在后期股东权益进行转让时仍旧面临着税收风险，另外根据2015年4月1日实行的《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》【财税〔2015〕41号】，股改中未分配利润和盈余公积转入到资本公积--股本溢价科目必须缴纳个人所得税似乎也是应有之义，但可协商在5年内分期缓缴。
