综合指数形式的股票指数，是将所有上市挂牌的股票都纳人计算指数的投资组合之中，所以市场上每一只股票价格的变动，都将引起综合指数的变化，其代表性最好。但由于综合指数投资组合的权数是上市公司的总股本当上市公司的总股本与其流通M不相一致时，比如我国的上海及深圳股市上市流通的股票只是总股本的一部分，总股本大的股票对股票指数的影响就较大，所以在上海股市，类似于石化、工商银行等超级大盘股就可能成为机构大户操纵股市的工具。如有时股票指数涨时只有这些少数几个大盘股的价格在涨，其他股票的价格基本不动甚至下跌。
综合指数形式的股票指数的另一个缺陷是容易受新股的影响，这种形式的股票指数是规定在新股上市的第二天就计入股票指数，如果新股上市当日的收盘价比较离谱，其对以后的股票指数就有较大的影响。收盘价高，以后新股的低走都将压低指数；反之新股上市日收盘价过低，将会抬高指数。解决这一弊端的有效方法是不限定新股计入指数的时间，而待新股的市盈率达到股市的平均值时再将其计入指数。
虽然股票的价格变化都一样，但由于各种股票指数所选的投资组合不同，其指数的涨跌幅度及变化方向就不一样。
