虽然从理论上说，剩余收益模型已经比较完美了，但是它的局限性在于没能指明预期未来盈余适合的代理值。
具体表现在以下三个方面：
（1）忽视了会计收益存在着非客观性的弊端。
剩余收益估价模型的基点是会计收益、非正常性收益和账面价值，在权责发生制会计准则和历史成本原则下，会计收益容易受到非客观因素的影响，而无法真实反映企业的经营业绩。
权责发生制下容易发生的有以下几个方面：一是采用预计、推断和估算等一系列主观估计和判断的方法，尤其在存货计价、费用摊配、计提折旧等方面，造成损益计算的随意性较大，使得损益信息严重失真；二是企业对收入与费用进行随意的配比，不可避免地导致用本期的收入同历史成本相配比，从而引起内在逻辑的不统一；三是财务会计立足于过去的交易与事项，只处理与反映那些对企业的经济利益确实产生了影响的交易或事项，对未来趋势的信息不予反映，这样无疑难以满足信息使用者对信息的需要。同时历史成本原则使得资产价值难以准确反映，收益难以真正反映企业的经营状况等情况，这些都往往导致企业经营业绩信息的失真。美国的安然事件、中国银广厦事件等一系列企业操纵会计收益事件的发生都在一定程度上说明了企业会计收益信息失真将导致对企业价值的错误评估，也预示着如果仅仅是片面地利用会计收益信息来评估企业价值将可能导致错误的估值。
（2）会计准则差异可能导致投资估值理论与模型在不同国家有着不同的结论。
我们知道，模型所使用的账面价值、收益是按一定的会计准则（或制度）处理后的产物，而会计准则是一定社会经济制度的产物，这就必然导致因为每个国家国情的差异而使会计准则产生差异，最终影响到会计收益、权益账面价值的差异，进而影响模型的结论。
（3）运用模型进行估值时，主要是依据目标公司相关会计信息的影响。
我国证券市场从起步至今，虽然在会计信息披露方面的质和量上都取得较大的进展，但是，国内信息披露的现状仍不容盲目乐观，股票市场上尚存有一些公司，或者在信息加工处理环节存有非科学合理的做法，或者在信息披露环节有意推迟或有所遗漏，这些都使得所披露的会计信息不可靠、不够相关，影响到公司决策。
