一、业务流程的差异
场内股票质押与场外股票质押的最大不同是其交易结构及业务流程的不同。
场外直接由质权人向中证登申报，而场内则须委托证券公司向交易所申报，再向中登逐级电子申报。
场内质押最快的甚至一周可完成，而场外的最快也要将近两个月。因此，场内的效率大大优于场外。
二、法规依据的差异
场内及场外股票质押业务所依据的业务指南及办法也不同。
以深市股质业务为例，场内质押业务须遵循深交所发布的《股票质押式回购交易及登记结算业务办法（试行）》 ，该管理办法细致规定了业务协议内容、交易要素、清算交收与质押登记、违规处置与异常情况处理、风险管理等方面的内容，是对场内质押业务的综合管理性办法。
场外质押业务则依据《中国结算深圳分公司证券质押业务指南》，主要规定了质押登记、解质押登记、处置过户等业务办理流程，法规属性为业务规程，是对场外质押业务的实务操作指南。
三、业务属性的差异
这样分开了之后，毫无疑问，场内股票质押业务不仅无需现场办理，从业务申报，持续监控，违约处置均可按照标准线上完成，具有较高的时效性及便利性，可认为是“标准化”业务。
场外股票质押需要远程现场办理，若涉及处置，则需通过司法程序完成，被认为是“非标准化”业务。
而采用场内还是场外取决于融资主体、标的证券、资金方等方面的条件判断，一般而言，场内的要求更加严格及标准化，能走场内的尽量走场内；
但由于一些特殊条件或诉求无法满足场内的，会走场外这种“非标”途径，常见情形为融资主体和股票持有人非同一人。
四、核心业务要素的差异
标的证券方面：场内质押需券商办理完成，券商一般对标的证券的把控会比较严格。具体来说，一般长期停牌或ST/*ST以及亏损股都很难过券商的风控。而场外无需经过券商风控，一般来说只要资金方同意即可办理。
质押率方面： 对于场内质押而言，最后无论是银行出资或是券商出资，其对风险的把控都更为严苛，质押率也基本被限制在6折以内，有些甚至到了3折；而场外质押则相对比较灵活，只要最后与出资人同意，最后甚至能做到6、7折。
资金方方面：场内质押的资金方一般有定向资管计划（一般为银行的钱）、券商资管计划及券商自营资金，均是金融机构的资金，融资所得资金需要进行三方存管到与股票账户关联银行的账户。而场外质押一般可自由选择所存管的银行账户，资金选择也相对自由。
五、交易要素的差异
对于场内质押，券商有成熟的盯盘系统，交易处置较为便利，一般在合同条款中也会设置提取、部分解质押、提前回购等条款，在交易要素的调整及安排上更为灵活。
而场外质押业务无对应的系统，一般而言合同约定后交易要素便不会调整，除非提前在合同中约明。
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