一般来说，本人认为所有维权的第一步都是搜集和保留证据，第二步是根据证据情况研究出几套可行的解决方案，第三步确定方案并实施。
根据提问人的描述，可按照如下步骤进行：
一、先行步骤：
夺回对公司公章的控制权；（主要为防止短时间内，此股东兼总经理再行做出损害公司利益的行为）
二、搜集和保留证据：
1. 调取公司最新的章程，审查章程中对董事会（执行董事）的职权描述以及对总经理的职权的描述；（实务中，执行董事一般就是总经理）
2. 在公司内部工作流程中，出纳转账时有总经理签字批准的审批单；
3. 出纳将100万元转入总经理个人账户，此笔支出在公司账中是以何名义转出的？
4. 转出时，总经理的银行账户信息；
5. 其他（有些证据，只能在法院受理诉讼案件后，凭法院的受理通知书到相关部门调取）
三、制定可行性解决方案
民事：
《公司法》第一百四十九条，董事、监事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。
《公司法》第一百五十一条，董事、高级管理人员有本法第一百四十九条规定的情形的，有限责任公司的股东，可以书面请求监事会或者监事向人民法院提起诉讼。
监事收到前款规定的股东书面请求后拒绝提起诉讼，前款规定的股东有权为了公司的利益以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。
其他：
还应参考证据情况，一旦涉及其他相关法律，也可列入备选方案中。
刑事：
如证据充分，总经理此时涉嫌职务侵占罪。股东可向公安机关举报总经理的犯法行为。
四、确定方案
确定方案一般要参考证据情况，现行法律，时间紧迫性等多个因素。
