股票配对交易基金是指同时买入卖出两个非常相似的公司的证券，或者同时买入卖出由一家公司发行的不同证券。这里所说的两家非常相似的公司，通常是指处在几乎相同的产品市场的公司，尽管它们可能在很多方面有所差别，比如企业的财务杠杆、产品质量、价格等等。有些时候，股票配对交易策略所采用的配对交易也被用于构建可以回避单个公司的风险的组合。
股票配对交易也可以买卖实质上相同的证券，比如说伯克什尔·哈萨威(Berkshire Hathaway)公司发行的两种普通股-小面值股票和大面值股票，每张大面值股票等于30张小面值股票(另外，两种股票的投票权也不同，而且小面值股票可转换为大面值股票，但是大面值股票不可以转换为小面值股票)。
美国存托凭证(American depository receipts, ADR)是在美国证券交易机构交易的非美国公司发行的非美元证券。ADR的交易价格能够很好地跟踪其基础资产经过汇率调整后的价格变动。
股票配对交易基金可以买卖这些相似的证券，然后进行外汇套期保值交易，这样就可以有效回避两种证券之间的转换风险。
股票配对交易也包括风险套利交易(参照下文的风险套利基金或兼并套利基金),有些股票配对交易基金的经理人用同一家公司发行的股票、债券构建套期保值头寸，其方法与可转换债券的套利方法大体相Pgo股票配对交易是一种低风险高收益的投资策略。
由于每笔交易之间都是严密地组合在一起的，所以其收益与股票或债券收益的相关性不高，典型的股票配对交易基金的杠杆率为2:1或者更高一点。
