股票市场中立投资共存在着五种主要风险：选股风险；模型风险；轧空风险；事件风险；以及流动性风险。
1、因为股票市场中立的投资策略在很大程度上依赖基金经理的选股能力，所以这也是最主要的风险。
正如之前我们提到的，基金经理可以通过在很多水平上保持B中性来对冲其面临的市场风险。但是如果他们所选取股票的表现并未如他们所料想一般，那么他们就是使用了特定风险来代替了夏普的市场风险。这种风险的一个例子就是将一只股票被误认为是价值型或者成长型的股票。基金经理通常会寻找价值高估的价值股票并进行卖空操作。
但是有时他们却不知道，市场对公司的认知正在发生变化(可能因为管理层的变化或者建设了一条新的生产线),可能开始将其视为价值型的公司，而后更将其视为成长型的公司。投资者对股票进行了卖空操作，而其价格开始上升，使投资者因持有空头而遭受损失。
在这一例子中，基金经理必须非常迅速地采取行动，正如交易者通常所观察到的“最先的损失是最轻微的损失”。当然，如果一只成长型股票的多头损失了很多(市盈率下降)同时这一股票的投资者因为害怕其失去成长能力而竞相卖出，那么相反的事情也会发生。
2、该策略的第二个主要问题是模型风险。
如果一只基金的选股分析，也就是数量模型，在良好工作了很长一段时间后突然之间发生了问题，这将给基金带来很大的损失。当模型失效以及(假设)未选取的股票表现超过选取的股票时，基金经理应该做些什么呢?答案就是认识到并接受这个事实，也就是说市场在相当长的时期内会以这种状态而存在，并且将会给基金造成重大的损失。
如施密茨先生所说，当市场开始为股票“倔强”的定价的时候，模型风险就产生了一个更严重的后果，称之为“收敛冲击”。这一现象所指的是基金经理持有空头的股票价格上涨，而持有多头的股票价格下跌，这样就造成了双重的损失。很多的相对价值策略基金经理发现，在互联网泡沫形成期间，他们就处于这样的境地。当那些没有业绩和大量现金流的工业股票价格大幅上升，同时业绩很好且现金流丰富的股票价格下降时，价格就会超出利用其历史价格进行的估值。
3、虽说不仅仅是股票市场中立策略才面临轧空风险，但是如果我们在这里忽略这一风险还是很粗心的。
4、股票市场中性的基金经理所面临的第四种可能风险是事件风险。
交易者及其使用的模型会发现一些公司面临着严重的问题，例如销售业绩下滑或者产品召回等等，于是决定卖空这一公司的股票。但是，什么样的公司会成为兼并的潜在目标呢?兼并方正是希望通过兼并来获得这种陷入困境的公司。
所以那些持有空头的基金经理会在某天清晨(或在线上)阅读华尔街期刊的时候发现自己的卖空交易正是那些从事接管的人员的目标。数量驱动的基金经理尤其容易在这一类风险中犯错。
5、最后应当提到的是由于卖空机会的减少所带来的特定的流动性风险。
股票市场中立的基金经理可能需要卖空100只或更多的股票，而且他们偏向于在高流动性的条件下对股票进行卖空操作，因为那样的话，风险较低。
施密茨以及其他一些基金经理转向了流动性更差的股票来进行卖空操作，例如意大利的股票，这是因为很多其他的对冲基金经理都忽略了这些股票所以可以随时迅速的借人这些股票。但是这样做的结果就是基金经理将他们自己置于这样一种境地，如果市场的走势对他们不利，除非是在一个更高的价格，否则他们将难以购回股票进行平仓操作。
