根据规定，凡注册会计师对上市公司的财务报告出具非标准无保留审计意见的，应当根据中国注册会计师独立审计准则的要求，在其审计报告中清楚地说明出具该意见的原因及依据，并对该意见涉及事项对上市公司财务报告的影响作出估计，无法估计的应当说明原因。因此，在注册会计师出具的审计报告里，大多数在意见段之外还有一个说明段，以说明出具审计意见的理由。
如四川君和会计师事务所对银山化工2000年中期报告作出保留意见，在审计报告的说明段里，注册会计师说明了理由：对应收款项坏账准备的计提比例由原来的10%变更为按6%计提，此项变更使公司2000年中期增加利润678.13万元；对库存商品的发出计价由原来的加权平均法改为后进先出法，相应增加了本期利润350万元。
深圳天健（信德）会计师事务所对大洋2000年中期报告拒绝表示意见，在审计报告的说明段里，注册会计师陈述了几条理由：银行存款余额中的35.29万元，对其真实性及完整性难以确认：公司应收款项的真实性及或可收回性难以确认：尚次付成功码头港口操作费计607.99万元：公司1998年度新增长期股权投资项目未经董事会及股东大会批准：向尊荣集团借款200万元，会计账目中未反映：由于公司内部控制的重大缺陷，巨额逾期借款及或有损失的存在，应收款项回收困难，现金入不敷出，绝大部分固定资产处置权受到限制，生产经营活动全部停止等。
天健会计师事务所对ST郑百文2000年中期报告拒绝表示意见，其说明的理由是：公司在郑州市城市合作银行的大额定期存款本息合计45“万元，至今无法取回：公司应收账款、其他应收款、预付账款在账务处理上缺乏应有的凭证支持，无法实施必要的审计程序：未能对公司存货进行实地盘点，经抽查发现公司会计记录比较混乱、会计处理随意，无法确定公司已提取的存货跌价准备是否充足；公司未能按期偿还的银行借款已达211002.64万元，公司已于2000年3月28日前收到公司最大债权人—中国信达资产管理公司向法院申请破产还债的申请书；公司持续经营能力存在重大不确定性。
一般来说，注册会计师在说明段中主要说明以下事项：
①披露重大不确定事项。注册会计师对某一事项的结果无法作出合理估计，也无法预知其对会计报表反映的影响程度，这些事项就称为不确定事项。如递延费用的不可收回性、所得税纠纷或诉讼案件的或有事项、大宗应收账款的变现能力、公司无力支付到期债务、出现未保险的地震和洪水灾害损失、持续经营能力出现怀疑等。在发生重大不确定性事项时，注册会计师应查明被审计单位在会计报表及其附注中，对有关事实是否作了披露，披露是否充分。但是，如果上述不确定事项发生的可能性较大，该事项又是重要的，即便会计报表附注中已作了充分披露，注册会计师也会在审计报告中增加说明段，解释该不确定事项。
②披露一贯性的例外事项。一旦被审计单位重要会计处理方法的选用发生变更时，注册会计师就应出具表示保留意见的审读报告。但也不能排除由于某些原因的发生，而使被审计单位所选用的会计处理方法发生合理或合法的变更，此时注册会计师就应根据其对此变更的重要性判断来决定，是否应说明导致一贯性未被遵循的事实。这些合理或合法变更会计处理方法的原因一般有以下三个方面：被审计单位选用了符合本单位特点的会计处理方法，如被审计单位为了加速固定资产更新，折旧方法由直线折旧法改为加速折旧法；由于国家法律、法规的规定而导致会计处理方法合法变更；随着会计理论和实务研究的发展，出现了更适于企业选用的会计处理方法。当被审计单位出现上述变动，且注册会计师认为这种变动是合理的，就在审计报告的意见段之后增加说明段，解释这些改变的性质。如果注册会计师认为这种变动是不合理的，并且对会计报表影响重大，就会因此出具保留意见或否定意见的审计报告。
③强调某一事项。注册会计师经过审计后，决定出具无保留意见审计报告，但同时又认为对某一事项有必要予以强调，以期引起报表使用者的关注。这些事项一般包括以下三个方面：一是被审计单位存在重大的内部结算业务或关联企业的结算往来业务；二是重大期后事项的发生，已经影响到会计报表日（或期间）的财务状况、经营成果和资金变动情况；三是对影响到会计报表与以前年度的可比性事项和其他会计事项变动或发生的说明等。
④被审计单位对外披露信息的重大差异。一般情况下，注册会计师没有责任证实会计报表及其附注之外的信息。但为了保护企业投资者及其他利害关系人的利益，避免卷入诉讼纠纷，注册会计师通常会阅读这些信息资料，并考虑其与会计报表中的信息有无重大差异。如存在重大差异，且该差异不是由已审定的会计报表所造成的，注册会计师的意见仍然可以是无保留的，但在审计报告的意见段后增加说明段，解释出现的差异。
