一般来说，当存在着下述情况之一时，注册会计师会出具有表示保留意见的审计报告：
（1）个别重要财务会计事项的处理或个别重要会计报表项目的编制不符合《企业会计准则》和国家其他有关财务会计法规的规定，被审计单位拒绝进行调整。如果注册会计师提出的应予调整的项目，被审计单位已经作了处理的（如调整审计年度会计报表，或虽未调整但在会计报表的附注中加以反映的），审计报告中就不再表示保留，只在相应的审计工作底稿中列示。但被审计单位对于注册会计师认为比较重要的审计调整事项不进行调整，注册会计师应将这些对审计意见有较大影响的内容在审计报告中明确提出，并说明其理由，指出这些调整对被审计单位提供的会计报表可能产生的影响。
（2）因审计范围受到局部限制，无法按照独立审计准则的要求取得应有的审计证据。由于种种原因，注册会计师在审计过程中原本应实施的审计程序，由于审计范围受到局部限制而无法实施，也难以实施必要的替代审计程序，将会对被审计单位的会计报表产生影响。在这种情况下，我们称审计受到“范围限制”。
范围限制既可能是委托人或被审计单位所强加的，也可能是环境造成的。委托人或被审计单位施加限制的情况很多。如：不准许注册会计师函证其应收款项；注册会计师未能进行存货监盘；拒签被审计单位声明书；未能让注册会计师对被审计单位在境外的子公司进行审计；拒绝向注册会计师提供有关的董事会和管理当局的会议记录。
因环境造成限制的情况包括：委托时间太迟，以至于不能执行在当时情况下被认为是必要的审计程序，如年末存货盘点的观察等：在境外有较多的子公司，难以安排注册会计师对其全部进行审计：被审计单位会计记录不完整等。新太科技（前身为远洋渔业，600728）被注册会计师连续5年出具保留意见，其原因就是因为环境造成限制。像远洋渔业这样的公司，远洋捕捞生产的特殊性导致期末审计时，注册会计师无法对船存存货实施必要的审计程序以验证其真实性和可靠性，这种状况是长期存在的。公司不可能为了审计就在该打渔的时候不打渔了，因此，只好由公司自己承诺，按照《企业会计准则》、《企业会计制度》进行存货核算，并承担其真实性和可靠性的一切责任。然后在生产渔轮回港期间，再由公司组织全面检查，并委托会计师事务所共同复验上年末船存存货盘点的正确性，并由会计师发表补充审计意见。这在一定程度上是允许的，这种审计意见的“保留”也并不影响公司的声誉。但有些养殖类企业，特别是那些大湖放养的公司，会计师根本没有办法搞清楚那些湖里究竟有多少水产品，这里所蕴藏的审计风险就相当大了，财务报表的可信度就要打些折扣。
（3）个别会计处理方法的选用不符合一贯性原则。即被审计单位的个别会计处理方法虽符合《企业会计准则》和国家其他有关财务会计法规的规定，但前后期不一致，变更不合理，影响重大，且不披露。这种不一贯并不是因为运用了新的会计准则或国家其他财务会计法规的规定，也不能证明更加合理和适用，而且这种不一贯导致对会计报表反映的影响是可以计量的。
注册会计师出具保留意见的审计报告时，一般都在意见段之前另设说明段，以说明所持保留意见的理由，并在意见段中使用“除存在上述问题以外”“除上述问题造成的影响以外”“除上述情况待定以外”等术语，表示其他事项已做了公允的反映。
需要指出的是，不要将带说明段的无保留意见审计报告与保留意见审计报告混为一谈。出具带说明段的无保留意见审计报告是注册会计师在对被审计单位审计结果在总体上表示满意，但认为存在某些有必要说明的信息而在审计报告的意见段之后附加说明段：而出具保留意见的审计报告，则是注册会计师在审计过程中审计范围受到限制或发现被审计单位的重大错误，但被审计单位拒绝调整时而出具的、对某些事项有所保留而表示的一种意见，两者存在着本质上的差别。
这种差别有三点：一是性质不同，一个是无保留意见，一个保留意见：二是与意见段的关系不同，一个是补充关系，一个是因果关系：三是位置不同，一个在意见段之后，一个在意见段之前。
