注册资本印花税就是公司成立注册之后，向工商局交的税。印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证的行为所征收的一种税。因采用在应税凭证上粘贴印花税票作为完税的标志而得名。印花税的纳税人包括在中国境内书立、领受规定的经济凭证的企业、行政单位、事业单位、军事单位、社会团体、其他单位、个体工商户和其他个人。在工商局注册登记的日期是公司成立的日期，缴纳印花税的日期是实收资本到账的当月缴纳。
注册资本要缴印花税，应该在实收资本到位的时候就开始缴纳印花税，每到资一次就按照到资的实际数量缴纳印花税。企业按照注册资本的万分之五缴纳印花税，这个印花税只需要缴纳一次，不是按年缴纳的，以后如果有增资，再按照增资部分的万分之五缴纳一次性印花税。
图1印花税
印花税规定，记载金额的按照金额纳税，不记载的按照帐簿纳税。 因为注册资本金属于金额的，所以有的人叫做注册资本金印花税，说法不准确。 假如过去没有缴纳，现在缴纳，还有罚款和滞纳金。 假如过去已经缴纳，没有增加不需要，增加了，那就需要缴纳。
实收资本与资本公积合计总额万分之五贴花。
《征管法》第三十二条 纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
《征管法》第五十二条第二款
对偷税、抗税、骗税的，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款，不受前款规定期限的限制。
但好像也不好说是偷税、抗税、骗税，最近好像对偷税的界定有所改变，具体未见。
可以先缴税款，再申请复议。
根据《中华人民共和国印花税暂行条例》及其实施细则的规定：
营业帐簿:记载资金的帐簿按“实收资本”和“资本公积”总额万分之五贴花，以后年度资金总额比已贴花资金总额增加的，增加部分应按规定贴花。其他帐簿按件贴花五元贴花。
因此，1994年注册的私营企业，应当已经按照“实收资本”金额（即：注册资本）缴纳了印花税，如果现在实收资本”和“资本公积”科目的合计数比已贴花资金总额增加的，只对其增加部分应按万分之五贴花。
即使94年没有贴花（缴纳印花税），根据《中华人民共和国税收征收管理法》第52条第2、3款的规定：
因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金；有特殊情况的，追征期可以延长到五年。
对偷税、抗税、骗税的，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款，不受前款规定期限的限制。
因此1994年的印花税到现在15年了，即使未缴纳也超过了追溯期，不应当补税。根据您的表述，税务机关没有理由认定贵公司是偷税。
凡印花税纳税单位均应按季进行申报，于每季度终了后十日内向所在地地方税务机关报送＂印花税纳税申报表＂或"、团体、部队，于每季度终了后10日内向所在地地方税务局报送"。
印花税的纳税期限是在印花税应税凭证书立；或＂监督代售报告表＂印花税纳税申报表"、部队、学校等印花税纳税单位，可在次年一月底前到当地税务机关申报上年税款。只办理税务注册登记的机关、团体；。
只办理税务注册登记的机关；监督代表报告表＂、学校等印花税纳税单位，可在次年一月底前到当地税务机关申报上年税款。
注册资本认缴登记制下印花税缴纳规定： 《国家税务总局关于资金账簿印花税问题的通知》（国税发〔1994〕25号）规定，生产经营单位执行《企业财务通则》和《企业会计准则》后，其“记载资金的账簿”的印花税计税依据改为“实收资本”与“资本公积”两项的合计金额。其“实收资本”和“资本公积”两项的合计金额大于原已贴花资金的，就增加的部分补贴印花。 印花税暂行条例施行细则第七条规定，税目税率表中的记载资金的账簿，指载有固定资产原值和自有流动资金的总分类账簿，或者专门设置的记载固定资产原值和自有流动资金的账簿。其他账簿，指除上述账簿以外的账簿，包括日记账簿和各明细分类账簿。
《企业会计准则——应用指南》附录：《会计科目和主要账务处理》规定，“实收资本”科目核算企业接受投资者投入的实收资本。股份有限公司应将本科目改为“股本”科目。企业接受投资者投入的资本，借记“银行存款”“其他应收款”“固定资产”“无形资产”和“长期股权投资”等科目，按其在注册资本或股本中所占份额，贷记“实收资本”科目，按其差额，贷记“资本公积——资本溢价或股本溢价”科目。“资本公积”科目核算企业收到投资者出资额超出其在注册资本或股本中所占份额的部分。 注册资本实缴登记制度转变为认缴登记制度后，工商部门只登记公司认缴的注册资本，无需登记实收资本，不再收取验资证明文件。
公司股东（发起人）应当对其认缴出资额、出资方式、出资期限等自主约定，并记载于公司章程。公司股东（发起人）认缴时因没有纳税资金来源，没有纳税能力，无需缴纳印花税，应遵循收付实现制原则，在实际收到出资时缴纳印花税。 收付实现制又称现金制或实收实付制是以现金收到或付出为标准，来记录收入的实现和费用的发生。按照收付实现制，收入和费用的归属期间将与现金收支行为的发生与否，紧密地联系在一起。换言之，现金收支行为在其发生的期间全部记作收入和费用，而不考虑与现金收支行为相连的经济业务实质上是否发生。
