(1)由于资金性质的不同导致投资中小企业板的风险要大于主板市场。
中小企业板新股的上市安排是在严格地监管下有序进行的，所以在中“小企业板的开创初期会出现资金过剩局面;又因为中小板市场的容量很小，这就容易造成流动性强的短线投机资金，这部分资金的操盘手法凶悍，目的是短线套利，所以很容易造成股价剧烈震荡。
(2)市场规模较小容易增加系统性风险。
因为中小企业板块的市场规模较小，所以容易引起指数的大幅波动，而且中小企业板被投资大众广泛看好，会产生要将中小板股票炒到高价的舆论，这些都会增加该板块的市场风险。
(3)存在市场运作风险和投资风险等多方面的非系统性风险。这往往是由中小企业板的上市门槛降低，中小板上市公司的经营状况、技术含量、业绩增长情况，以及上市公司的诚信道德等方面原因的引起的。
