需要注意的是，前面所叙述的现金流量表分析也有其局限性，主要表现为:
(1)报表信息的可靠性。
编制现金流量表的各种资料的可靠性受到很多因素影响，由于报表本身的不可靠使得报表分析同样显得不够可靠。
(2)报表信息的可比性。
由于不同企业采用的会计处理方法不同以及同一企业的会计环境和基本交易的性质发生变动，从而使得财务信息的可比性大大减弱。
(3)报表信息的有效性。
财务报表中所反映的数据，是企业过去会计事项影响的结果，根据这些历史数据计算得到的各种分析结论，对于预测企业未来的现金流动，只有参考价值，并非绝对有效。
因此，报表信息使用者应在全面评价的基础上选择特定项目进行重点分析，将全面分析结论和重点分析结论相互联系，确保分析结果的有效性。
在运用上述财务分析方法和指标对现金流量表进行分析时，还应注重以下三个问题:
(1)不要拘泥于以上有限的财务分析指标，还可以根据公司治理当局的需要适当改编现金流量表，设计更具说服力的指标，获取其他更有意义的信息。
(2)全面、完整、充分地把握信息，不仅要充分理解报表上的信息，还要重视公司重大会计事项的揭示以及注册会计师对公司报表的评价报告，甚至还要考虑国家宏观政策、国际国内政治气候等方面的影响；不仅要分析现金流量表，还要将资产负债表、损益表等各种报表有机地结合起来，这样才能全面而深刻地揭示公司的偿债能力、盈利能力、治理业绩和经营活动中存在的成绩和问题。
(3)特定分析与全面评价相结合。报表使用者应在全面评价的基础上选择特定项目进行重点分析，如分析公司偿债能力的现金流动负债比(经营活动现金流量/流动负债)等，并将全面分析结论和重点分析结论相互对照，以保证分析结果的有效。
与此同时，我们还有一个非常重要的因素需要考虑，那就是还存在许多操纵现金流量表的伎俩。这些伎俩对于我们进行投资分析会产生很大的误导作用，从而影响我们的决策。
